最近服務器系統被我搞崩了，換了塊更好的固態硬盤，重新裝了一個ubuntu系統。然后我在服務器上面運行juice（3D-DNA流程掛載染色體用到的軟件），發現了這樣的報錯：aw...
發簡信
IP屬地：廣西
-
解決報錯：awk: .//scripts/common/chimeric_sam.awk: line 50: illegal reference to local variable array
-
基于nanopolish的分析結果得到劃分窗口全基因組甲基化水平文件
我最近基于nanopore的數據進行全基因組5mC甲基化分析，具體是基于王順老師編寫的腳本進行分析（https://gitee.com/wangshun1121/nanopo...
-
TBtools修復基因注釋文件的方法一現在，基因組測序和組裝的價格已經降到了很多科研團隊都能負擔的水平，因此，很多物種的基因組序列都被測定并公開了。同時，描述這些基因結構的文件，比如GTF或GFF3文件，也可以...
-
`GLIBCXX_3.4.26' not found解決辦法本人最近在進行基因注釋時，本想用mamba安裝一下braker，卻沒想到以前一向好用的mamba軟件居然反常地報錯了…… 本著做生信一定要學會使用谷歌的原則，我去高搜了一下，...
-
基于Python程序給fa文件基因ID批量添加前綴的方法
鑒于在生物信息分析過程中，有些時候我們的輸入/輸出的fasta格式文件的基因ID經常會雜亂無章，不知道屬于哪個物種或者哪個類別。因此，我寫了一個python程序來簡化這一方...
-
使用UpSetR軟件包繪制Upset圖的方法本人最近在做比較基因組學分析的時候，發現用韋恩圖來表示共有、特有的基因家族雖然直觀，但一旦物種數目增多，就會變得不好看。于是，我師兄提議可以用Upset圖來代替，我仿佛打開了...
-
@麥田里的守望者_98a5 查中性突變率關鍵詞：Neutral mutation rate
根據突變速率進行EDTA結果的LTR插入時間換算
EDTA是一個非常好的轉座子注釋流程，并且它有一個功能是可以根據突變速率推算LTR插入時間。然而，這個軟件如果不設置參數--u的話，會使用禾本科的默認插入時間1.3e-8來計...
-
@麥田里的守望者_98a5 一般通過查閱文獻獲得，如果查不到的話就使用默認的突變速率
根據突變速率進行EDTA結果的LTR插入時間換算
EDTA是一個非常好的轉座子注釋流程，并且它有一個功能是可以根據突變速率推算LTR插入時間。然而，這個軟件如果不設置參數--u的話，會使用禾本科的默認插入時間1.3e-8來計...
-
注釋文件無法提取最長轉錄本的解決方法我最近在做比較基因組學分析的過程中遇到了一個問題，就是從數據庫中下載到的注釋文件，明明是gff3格式，卻無法按照常規方法提取最長轉錄本。注釋文件中顯示來源于DDBJ數據庫。...
-
根據突變速率進行EDTA結果的LTR插入時間換算
EDTA是一個非常好的轉座子注釋流程，并且它有一個功能是可以根據突變速率推算LTR插入時間。然而，這個軟件如果不設置參數--u的話，會使用禾本科的默認插入時間1.3e-8來計...
