鑒于在生物信息分析過程中，有些時候我們的輸入/輸出的fasta格式文件的基因ID經(jīng)常會雜亂無章，不知道屬于哪個物種或者哪個類別。因此，我寫了一個python程序來簡化這一方...
發(fā)簡信
IP屬地：青海
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基于Python程序給fa文件基因ID批量添加前綴的方法
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使用UpSetR軟件包繪制Upset圖的方法本人最近在做比較基因組學分析的時候，發(fā)現(xiàn)用韋恩圖來表示共有、特有的基因家族雖然直觀，但一旦物種數(shù)目增多，就會變得不好看。于是，我?guī)熜痔嶙h可以用Upset圖來代替，我仿佛打開了...
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解決ERROR: Could not find a version that satisfies the requirement pygtftk (from versions: none)
pip版本過低導致 python -m pip install --upgrade pip
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注釋文件無法提取最長轉(zhuǎn)錄本的解決方法我最近在做比較基因組學分析的過程中遇到了一個問題，就是從數(shù)據(jù)庫中下載到的注釋文件，明明是gff3格式，卻無法按照常規(guī)方法提取最長轉(zhuǎn)錄本。注釋文件中顯示來源于DDBJ數(shù)據(jù)庫。...
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根據(jù)突變速率進行EDTA結(jié)果的LTR插入時間換算
EDTA是一個非常好的轉(zhuǎn)座子注釋流程，并且它有一個功能是可以根據(jù)突變速率推算LTR插入時間。然而，這個軟件如果不設置參數(shù)--u的話，會使用禾本科的默認插入時間1.3e-8來計...
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根據(jù)基因名稱批量提取蛋白序列以作進化樹構(gòu)建的方法有時候，我們需要對某個特定基因家族進行進化樹的構(gòu)建，那么怎么來實現(xiàn)呢？以下是一種比較簡單的基于Mega的方法 一 提取蛋白序列 http://hgdownload.cse.u...
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解決CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use ‘conda activate’
本人曾兩次遇到過這個問題，就是在切換conda環(huán)境時報這樣的錯： CommandNotFoundError: Your shell has not been properly...
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安裝和運行DeepTE時報錯的解決辦法
DeepTE是一款非常實用的轉(zhuǎn)座子分類工具，一般在跑完EDTA重復序列注釋后可以運行一下DeepTE對unknown的轉(zhuǎn)座子進行進一步分類。然而，我在安裝這個軟件時遇到了報錯...
