文章標題：Fast and accurate metagenotyping of the human gut microbiome with GT-Pro[https://w...
發簡信
IP屬地：湖北
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meta SNV gt-pro -
meta挖質粒plasflow
文章標題：PlasFlow: predicting plasmid sequences in metagenomic data using genome signatures...
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meta SV sgvfiner269方法標題：Comprehensive evaluation of structural variation detection algorithms for whole ...
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@kim_zhu 建議三連一波
在shell腳本中切換conda環境
導讀 常用的conda activate切換conda環境的方法只能在命令行中使用，放在腳本中會報錯，該如何解決呢？ 一、腳本中使用conda activate 涼涼 二、b...
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@環境微生物 為什么不打賞一下呢
phylophlan3使用(更新)
下載、安裝 軟件運行配置文件無需基因組fna或者faa文件基因組是fna，配置文件（下一步速度慢，不推薦） 基因組翻譯后的faa（速度更快，推薦使用），配置文件。 參數 -o...
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PHI: pathogen host interactions網址：http://www.phi-base.org/releaseNote.htm[http://www.phi-base.org/releaseNote.htm] 當前版...
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三代組裝metaFlye
github: https://github.com/fenderglass/Flye[https://github.com/fenderglass/Flye] 安裝 使用 ...
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opera-ms META混裝
github: https://github.com/CSB5/OPERA-MS[https://github.com/CSB5/OPERA-MS] 文章文章：Hybrid ...
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mmseq2序列聚類
文章標題：MMseqs2 enables sensitive protein sequence searching for the analysis of massive d...
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use plink2plink2: https://www.cog-genomics.org/plink/2.0/[https://www.cog-genomics.org/plink/2.0/...
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plink GWAS [2]
樣本質控 --remove 刪除樣本FID IID--maf minor allele frequency 刪除低頻--mind Missingness per indivi...
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meta挖質粒/病毒genomad
文章標題：Identification of mobile genetic elements with geNomad[https://www.nature.com/arti...
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phylophlan3使用(更新)
下載、安裝 軟件運行配置文件無需基因組fna或者faa文件基因組是fna，配置文件（下一步速度慢，不推薦） 基因組翻譯后的faa（速度更快，推薦使用），配置文件。 參數 -o...
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kraken2bracken build dbkraken2 github:https://github.com/DerrickWood/kraken2/blob/master/docs/MANUAL.markdown[...
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nt/nr物種 | megan/Blast2lca
Github:https://github.com/emepyc/Blast2lca[https://github.com/emepyc/Blast2lca]https://...
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CheckM2終于更新了文章標題：CheckM2: a rapid, scalable and accurate tool for assessing microbial genome qualit...