感謝哥們，如果不是你我真的無法運行這個軟件
phylophlan3使用(更新)下載、安裝 軟件運行配置文件無需基因組fna或者faa文件基因組是fna，配置文件（下一步速度慢，不推薦） 基因組翻譯后的faa（速度更快，推薦使用），配置文件。 參數 -o...
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phylophlan3使用(更新)
下載、安裝 軟件運行配置文件無需基因組fna或者faa文件基因組是fna，配置文件（下一步速度慢，不推薦） 基因組翻譯后的faa（速度更快，推薦使用），配置文件。 參數 -o...
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根據barcode拆分測序數據
擴增子測序不同于其他高通量測序項目，擴增子測序往往樣品量較大，但單個樣品的數據量要求不高（因為僅僅研究擴增區域的序列）。為了節約成本，研究者們通常會把多個樣品混在一個文庫，并...
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diamond比對以及結果數據處理
利用diamond比對數據 注意：diamond在無root權限的linux運行比對命令時需要加參數-t /dev/shm創建臨時文件 注意事項:默認參數主要是針對段短序列，...
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宏基因組分箱（二）Metabat2分箱實戰
導讀 上一篇：宏基因組分箱（一）Megahit組裝和QUAST質量評價[http://www.lxweimin.com/p/41f7d6134c0d]。分箱工具有很多，我為什...
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宏基因組分箱（四）Blobology可視化Bin導讀 分箱就是將宏基因組測序數據組裝得到的contigs根據四核苷酸頻率和豐度模式進行打包分類的過程，一個包裹也就是一個Bin代表一種微生物。Metawrap的Blobolo...
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宏基因組 - (3)使用KofamKOALA對非冗余基因集進行KEGG注釋0.僅作筆記使用 我所用到的所有腳本可以+Q 840842906索 簡單介紹一下方向也可以，說不定以后能互相幫忙～ 1. 這個工具有在線網頁版，當然KEGG注釋還有其他很多工...
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Kraken使用手冊
Introduction Kraken 是可將分類標簽分配給DNA序列的一種序列分類器，是基于k-mer精確比對，并采用最低公共祖先(lowest common ancest...
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宏基因組學/群體遺傳學 方向
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宏基因組之基因豐度計算目前有兩種方式可計算宏基因組基因的豐度，一種是基于比對，比如bwa,bowtie,soapaligner等主流的比對軟件，另一種是不比對快速估計基因豐度，可以用近倆年來流行的...
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太牛了老哥，這本書我找好久了，你是國內第一個翻譯的??
第十章 微生物組數據的成分分析
10.1 Introduction to Compositional Analysis（成分分析導論） ①什么是成分數據？ 根據韋伯斯特第二版新大學詞典，作文是“將部分或元素...
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第十章 微生物組數據的成分分析10.1 Introduction to Compositional Analysis（成分分析導論） ①什么是成分數據？ 根據韋伯斯特第二版新大學詞典，作文是“將部分或元素...
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2020-08-17
Mantel test 分析兩個距離矩陣之間的相關性 做微生物菌落少不了分析環境因子（pH，有機碳，總氮，鹽度等）與菌落的相關性，此時便需要做CCA和Mantel test ...
