5. Normalization Normalization就是為了把兩種測序方法得到的數(shù)據(jù)不一致現(xiàn)象消除，否則如果你通過分析函數(shù)知道CpG有差異，你如何知道這個差異是疾病帶...
IP屬地：廣東
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ChAMP包學(xué)習(xí)(3) -
單細胞分析之細胞交互-3：CellChat常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.lxweimin.com/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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Illustrator 教程，如何在 Illustrator 中更改圖稿顏色？歡迎觀看Illustrator教程，小編帶大家學(xué)習(xí) Illustrator 的基本工具和使用技巧，了解如何在 Illustrator 中將顏色應(yīng)用至使用現(xiàn)有顏色和創(chuàng)建顏色的圖...
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單細胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.lxweimin.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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單細胞擬時序分析6-取亞群的方法擬時序涉及到取亞群，這里我在文獻里看到過，例如，取成纖維細胞是選擇 PDGFRΑ 基因陽性的細胞。但是PBMC的單核細胞好像不是用某個基因取的子集。所以，這個應(yīng)該是不同細胞亞...
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你可能不知道的基因組注釋文件冷知識寫在前面的廢話 注釋文件的格式已經(jīng)被各種教程講爛了，那我肯定不能這么俗套。所以咱們今天只談風(fēng)花雪月，不講具體格式…… 搞NGS，注釋文件是我們經(jīng)常需要用到的。但是不同的實驗室...
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R語言統(tǒng)計4：正態(tài)性檢驗及t檢驗
正態(tài)性檢驗：正態(tài)性檢驗主要用于判斷連續(xù)性變量是否服從或近似服從正態(tài)分布，屬于非參數(shù)檢驗。原假設(shè)為“樣本來自的總體與正態(tài)分布無顯著性差異”，只有P>0.05才能接受原假設(shè)，及數(shù)...
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R語言學(xué)習(xí)（一）——下載R包小小白一枚，整理并分享一下自己在學(xué)習(xí)R的時候一些心得與體會！如果有說的不對的地方還請各位大佬指正交流~ R語言是生信分析中經(jīng)常會用到的數(shù)據(jù)工具之一，學(xué)好R語言將會為我們之后的...
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安裝rtracklayer包時一直報錯，why
位了在R語言中導(dǎo)入gtf 文件，我加載了rtracklayer包，但是一直報錯，，如下圖所示： 重新安裝之后，if (!require("BiocManager", quie...
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oncoPredict：一枚藥物預(yù)測R包0.背景知識一點點 oncoPredict是根據(jù)基因表達量來預(yù)測藥物敏感性的R包。也就是說它可以根據(jù)你的樣本基因表達量來告訴你每個藥物的IC50值，這個值越低就說明藥物越管用...
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R數(shù)據(jù)格式：RData，Rds區(qū)別
.rds 和 .Rdata （也稱為.rda ）文件都可用于以 R 本機格式存儲 R 對象。與非本機存儲方法（例如write.table相比，保存此方法有多個優(yōu)點： 將數(shù)據(jù)恢...
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R語言可視化6: ROC曲線圖 - ROCR/pROC/plotROC/survivalROC/timeROC1. 使用包繪制ROC曲線圖 1.1 基本用法 1.2 Precision/recall， Sensitivity/specificity，Lift charts等 1.3 ...
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R語言ggboxplot-一文掌握箱線圖繪制所有細節(jié)作者：白介素2相關(guān)閱讀：R語言ggplot2繪制箱線圖R語言生存分析04-Cox比例風(fēng)險模型診斷R語言生存分析03-Cox比例風(fēng)險模型R語言生存分析-02-ggforestR...
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ggplot2優(yōu)化小提琴圖（添加組間差異顯著性，基礎(chǔ)知識）這里不直接用ggplot2畫，因為要做差異分析，所以直接用ggpubr step0.數(shù)據(jù)讀取 load("Type.Rdata") 首先外面是一個小提琴圖，中間一個箱式圖，然...
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fastq、fasta、bed、gtf、gff、sam、bam生信分析常見文件格式查看生信分析過程中的文件格式：除了原始測序數(shù)據(jù)fastq、fasta之外，還有基因組文件fasta格式，基因注釋文件gtf格式。在分析的過程中還會有眾多中間文件的生成，如bed、...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘之繪制PCA熱圖和差異基因火山圖PCA和差異基因圖是生信技能樹[生信爆款入門課程]GEO數(shù)據(jù)挖掘的重點。為拓展課堂所學(xué)知識，現(xiàn)在找一個數(shù)據(jù)集對他們做下練習(xí)總結(jié)。 1.主成分PCA 圖---- 2.top 1...
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【R畫圖學(xué)習(xí)8.1】PCA圖主成分分析，即Principle Component Analysis (PCA)，是一種傳統(tǒng)的統(tǒng)計學(xué)方法，被機器學(xué)習(xí)領(lǐng)域引入后，通常被認為是一種特殊的非監(jiān)督學(xué)習(xí)算法，其可以...
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從KEGG的pathway中提取gene symbol我的課題需要癌癥中糖基因，查了下KEGG，正好有這個通路，如圖。 順便糾正幾個KEGG知識：pathway: hsa05205K+數(shù)字，如K00844 ：基因Ko+數(shù)字，如K...
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線粒體相關(guān)基因的數(shù)據(jù)庫最近想看線粒體代謝相關(guān)基因在自己測序數(shù)據(jù)中是否有差異，找了好久，沒找到一個合適的基因列表，早上真的是太太幸運啦！??！我搜了下mitochondrial metabolism ...