5. Normalization Normalization就是為了把兩種測序方法得到的數據不一致現象消除，否則如果你通過分析函數知道CpG有差異，你如何知道這個差異是疾病帶...
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ChAMP包學習(3) -
單細胞分析之細胞交互-3：CellChat常用的細胞通訊軟件：CellphoneDB[http://www.lxweimin.com/p/38a9376f5286]：是公開的人工校正的，儲存受體、配體以及兩種相互作用...
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Illustrator 教程，如何在 Illustrator 中更改圖稿顏色？歡迎觀看Illustrator教程，小編帶大家學習 Illustrator 的基本工具和使用技巧，了解如何在 Illustrator 中將顏色應用至使用現有顏色和創建顏色的圖...
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單細胞之軌跡分析-2：monocle2 原理解讀+實操軌跡分析系列： 單細胞之軌跡分析-1：RNA velocity[http://www.lxweimin.com/p/ee0f7a8e6a06] 擬時間序列分析（Pseudot...
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單細胞擬時序分析6-取亞群的方法擬時序涉及到取亞群，這里我在文獻里看到過，例如，取成纖維細胞是選擇 PDGFRΑ 基因陽性的細胞。但是PBMC的單核細胞好像不是用某個基因取的子集。所以，這個應該是不同細胞亞...
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你可能不知道的基因組注釋文件冷知識寫在前面的廢話 注釋文件的格式已經被各種教程講爛了，那我肯定不能這么俗套。所以咱們今天只談風花雪月，不講具體格式…… 搞NGS，注釋文件是我們經常需要用到的。但是不同的實驗室...
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R語言統計4：正態性檢驗及t檢驗
正態性檢驗：正態性檢驗主要用于判斷連續性變量是否服從或近似服從正態分布，屬于非參數檢驗。原假設為“樣本來自的總體與正態分布無顯著性差異”，只有P>0.05才能接受原假設，及數...
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R語言學習（一）——下載R包小小白一枚，整理并分享一下自己在學習R的時候一些心得與體會！如果有說的不對的地方還請各位大佬指正交流~ R語言是生信分析中經常會用到的數據工具之一，學好R語言將會為我們之后的...
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安裝rtracklayer包時一直報錯，why
位了在R語言中導入gtf 文件，我加載了rtracklayer包，但是一直報錯，，如下圖所示： 重新安裝之后，if (!require("BiocManager", quie...
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oncoPredict：一枚藥物預測R包0.背景知識一點點 oncoPredict是根據基因表達量來預測藥物敏感性的R包。也就是說它可以根據你的樣本基因表達量來告訴你每個藥物的IC50值，這個值越低就說明藥物越管用...
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R數據格式：RData，Rds區別
.rds 和 .Rdata （也稱為.rda ）文件都可用于以 R 本機格式存儲 R 對象。與非本機存儲方法（例如write.table相比，保存此方法有多個優點： 將數據恢...
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R語言可視化6: ROC曲線圖 - ROCR/pROC/plotROC/survivalROC/timeROC1. 使用包繪制ROC曲線圖 1.1 基本用法 1.2 Precision/recall， Sensitivity/specificity，Lift charts等 1.3 ...
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R語言ggboxplot-一文掌握箱線圖繪制所有細節作者：白介素2相關閱讀：R語言ggplot2繪制箱線圖R語言生存分析04-Cox比例風險模型診斷R語言生存分析03-Cox比例風險模型R語言生存分析-02-ggforestR...
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ggplot2優化小提琴圖（添加組間差異顯著性，基礎知識）這里不直接用ggplot2畫，因為要做差異分析，所以直接用ggpubr step0.數據讀取 load("Type.Rdata") 首先外面是一個小提琴圖，中間一個箱式圖，然...
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fastq、fasta、bed、gtf、gff、sam、bam生信分析常見文件格式查看生信分析過程中的文件格式：除了原始測序數據fastq、fasta之外，還有基因組文件fasta格式，基因注釋文件gtf格式。在分析的過程中還會有眾多中間文件的生成，如bed、...
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GEO數據挖掘之繪制PCA熱圖和差異基因火山圖PCA和差異基因圖是生信技能樹[生信爆款入門課程]GEO數據挖掘的重點。為拓展課堂所學知識，現在找一個數據集對他們做下練習總結。 1.主成分PCA 圖---- 2.top 1...
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【R畫圖學習8.1】PCA圖主成分分析，即Principle Component Analysis (PCA)，是一種傳統的統計學方法，被機器學習領域引入后，通常被認為是一種特殊的非監督學習算法，其可以...
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從KEGG的pathway中提取gene symbol我的課題需要癌癥中糖基因，查了下KEGG，正好有這個通路，如圖。 順便糾正幾個KEGG知識：pathway: hsa05205K+數字，如K00844 ：基因Ko+數字，如K...
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線粒體相關基因的數據庫最近想看線粒體代謝相關基因在自己測序數據中是否有差異，找了好久，沒找到一個合適的基因列表，早上真的是太太幸運啦！！！我搜了下mitochondrial metabolism ...