1：在線構建RAxML樹 1. CIPRES網站： CIPRES Science Gateway V3.3[http://www.phylo.org/index.php/po...
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在線和本地兩種方法構建 RAxML 進化樹方法和解讀 -
【ProteoWizard MSConvert】質譜文件格式簡介及其轉換質譜格式 質譜文件格式多種多樣，各儀器廠商產出的數據都有不同。雖然HUPO已經對質譜數據進行了標準化，但大家依然是我行我素，因為不得不用它們提供的軟件，而不同的軟件會要求不同...
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使用EGGNOG-Mapper對非模式物種快速進行GO或KEGG注釋對于非模式物種，需要做GO或KEGG富集，可以嘗試使用EGGNOG-Mapper來對你的物種序列進行快速注釋。在注釋結果文件中，可以同時獲得序列映射上的GO號或KO號，直接提...
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Linux下miniconda的安裝使用
Anaconda與Miniconda的區別 Anaconda是一個打包的集合器皿，里面預裝好了conda、某個版本的python、眾多packages、科學計算工具等等，所以...
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miniconda的常用命令匯總
寫這個的目的主要是年紀大了，老是記不住命令行，索性整理下來，忘了就不用滿世界找了。 和channels有關的命令 查看已經添加的channels 增加channels 有時候...
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基因的可變剪切(alternative splicing)和蛋白異構體(Protein isoform)寫這個文章的原因是因為我在用Trinity組裝轉錄組的時候，除去軟件的原因，在生物體內有很多的可變剪切現象，定義就是一個mRNA前提可以通過不同的內含子出去方式獲得成熟的mR...
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如何區分基因的顯性效應(Dominance effect)和上位性效應(Epistatic effect)基因的上位性效應和顯性效應聽名字就覺得挺繞的，聽起來就是一個基因對另一個基因的壓制效果，網上的介紹看起來云里霧里，還搬來染色體，標記的性狀，感覺更加復雜了。 基因的顯性效應 ...
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建立者效應(founder effect)和瓶頸效應(bottleneck effect)我對種群遺傳學這塊一直不太熟悉，奈何實驗室中經常有需要涉及到種群進化這塊的內容，所以以下的這塊介紹，大抵將給我自己聽的。 建立者效應 建立者效應是指少數個體的基因頻率決定了他...
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如何用fasq-dump解壓SRA文件
之前介紹了如何安裝sratoolkit, 可以看我之前寫的簡書http://www.lxweimin.com/p/188df05615c7[https://www.jians...
