1. 組裝基因組質控 得到組裝好的基因組序列之后，首先要使用多種方法評估組裝質量。這里用到2款可用于基因組組裝質量評估的軟件——QUAST和BUSCO。 1.1 quast—...
IP屬地：北京
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用verkko組裝基因組
背景介紹 verkko是一個最新的可以應用于二倍體基因組T2T（telomere-to-telomere）級別的基因組組裝的組裝軟件。 2022年9月14號李恒在主題為Pac...
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聊聊“基因組共線性”最近看了幾篇關于共線性分析的微信/簡書推送，發現不少研究人員把“編碼基因共線性”錯誤地描述為“全基因組共線性”。這是兩個完全不同的概念，前者主要是基于蛋白水平，蛋白的保守性很...
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gvcf文件與vcf文件一、解釋一 這里注意HaplotypeCaller只能處理單樣本文件，當有多樣本時，官方建議使用HaplotypeCaller對單bam文件分別進行變異檢測，生成GVCF文件...
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Exons,Introns,ORF,CDS,UTR,lncRNA,轉錄本,可變剪切,密碼子,啟動子,順式作用元件,轉錄起始位點,終止子,轉錄因子,結構基因轉自: http://www.lxweimin.com/p/379affdebabe[http://www.lxweimin.com/p/379affdebabe] 一.核酸...
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「生信」共線性分析——MCScanX目錄MCScanX下載及安裝數據準備MCScanX運行及結果Ka & Ks 計算下游畫圖腳本最后 MCScanX有兩個主要的功能, 一是, 方便使用者發現共線性(collin...
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任何人！一鍵完成物種間的共線性分析與可視化寫在前面 類似的主題，我們已經推出了一篇主題為《一鍵完成共線性（MCScanX）分析》的文章。推出之后一部分人用著挺好。也有相當部分朋友卻不知為何遇到各種各樣的問題。這些問題...
