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基因組注釋01# | 重復序列注釋（RepeatModler+RepeatMasker）寫在前面 進行這部分重復序列提取和注釋，主要是為了屏蔽基因組的重復序列，以保證后面基因結構注釋的準確性。大致的流程如下：1.首先使用Repeat...
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R學習筆記1 | 初步認識R雖然前期陸陸續續間斷學習用過R，當時感覺自己現在每次用R又要花很多時間重新理解R的語言邏輯，所以想系統學習下R語言，主要記錄下自己的R的學習過程...
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性染色體的鑒定（GATK4）寫在前面 性別被稱為“進化生物學問題的皇后”，一直是生命科學領域中最具吸引力和最熱門研究方向之一。而有性生物其性染色體的解析是性別研究的基礎，這...
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De novo組裝#08 | 基因組組裝評估寫在前面 基因組組裝完成后，我們需要對我們組裝好的基因組進行一個質量評估，質量評估主要從連續性（continuity），完整性（complete...
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De novo組裝#07 | 染色體掛載 （allhic，3d-dna）寫在前面 初始組裝經過基因組糾錯（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以將其掛載到染色體上，使其由contig/scaffold級別...
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De novo組裝#06 | Scaffolding和gap filling
基于三代測序reads進行Scaffold構建以及補洞gap filling，我這里只有一種三代測序數據CLR，這里就先不做了，而且我看文章做這...
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De novo組裝#05 | 基因組糾錯polish（racon+pilon, nextpolish）寫在前面 在進行染色體掛載之前一般對得到的 "primary assembly"（主要組裝/初始組裝結果）進行進一步的優化，以減少錯誤，提高基因...
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De novo組裝#04 | 基因組去冗余（purge_dups）寫在前面 冗余序列的產生和多種因素有關，如 CLR 的測序錯誤，基因組自身的雜合性和重復序列的影響等等，purge_dups軟件能根據read深...
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De novo組裝#03 | 基因組拼接（flye, wtdbg2, mecat2, canu）寫在前面 前面兩篇文章De novo組裝#01 | 測序數據質控（fasqc+fastp）[http://www.lxweimin.com/p/...