picard安裝最新的，但是應用時出現報錯 解決方法： 下載2.27.5版本的picard
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跟著PNAS學作圖 | 提供全文數據和代碼論文 題目：Death rates at specific life stages mold the sex gap in life expectancy 網址： https...
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R語言繪制臨床三線表臨床模型的構建所需的第一個表就是基線表，基線表的制作有很多種方法，今天試試R。制作三線表所需的包table1,安裝完畢后使用使用boot包中的自帶數據 可以發現數據集中sta...
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R語言中如何更改R包安裝路徑
R中包的安裝位置默認是在C盤，經常出現C盤不夠用，那我們就需要吧軟件安裝在其他盤中，包括R語言中R。 第一步：首先查看一下自己的安裝位置,一般默認都是在C盤，我們就可以給他的...
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[R Tips] 多個向量取交集
假如有 3 個基因列表存儲在 R 的向量，此時 intersect(intersect(A, B), C) 可以取三者交集；假如 10 個基因列表呢？ 9 層嵌套 inter...
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關于NGS數據處理中的PCR Duplicate
最近在學ChIP-seq數據分析，遇到一個之前沒遇到過的問題，關于PCR Duplicates的問題，記錄一下自己搜索的答案和思考 在做轉錄組數據分析質控那一項的過程中，利用...
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差異可變剪接軟件哪家強？
作者： 童 蒙編輯：amethyst 可變剪接作為轉錄后修飾的重要環節，對細胞的活性和疾病的發生發展都有廣泛的作用。盡管目前軟件很多，但是軟件間的比較卻比較少。作者系統地...
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2023-03-02 新bing跳轉試過網上用Modheader更改設置，無效。試了這種方法親測有效。無需下載新版的edge dev，但是要獲得申請資格。 首先要科學上網，代理國內或者全局都可以。打開bing，...
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生信＋實驗：最全單基因研究套路總結
隨著測序技術的發展，每年測序數據量以PB級增長。隨著海量測序數據的增長，越來越多的研究人員開始挖掘公共數據庫中的測序數據的意義。已有很多研究表明，某個基因可能參與了某種腫瘤的...
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一個完整的WGS變異檢測snakemake流程詳解
寫在前邊的話 ??在此要感謝堿基礦工[http://www.lxweimin.com/u/47e9e401869f]，第一次做全外顯子測序的變異檢測時便是參考了他寫的教程，當...
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個性化生信分析
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WGCNA原理簡介網絡圖 在傳統的網絡圖里面，一般分為非權重網絡和權重網絡對于非權重網絡： 非權重網絡的特點是只能表示兩個點之間是否有關系，單純的“一刀切”，即只有“有關系”和“無關系”這兩種...
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risk_score_table[,eachsig gene] * (summary(cox report)$coefficients [each_sig_gene,1]). 如果risk_score_table 里每列代表基因的話，應該是乘錯了，需要對數據框進行倒置。
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TCGA+biomarker——Cox回歸森林圖
森林圖簡介 森林圖（forest plot），從定義上講，它一般是在平面直角坐標系中，以一條垂直于X軸的無效線（通常坐標X=1或0）為中心，用若干條平行于X軸的線段，來表示每...
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【張勇】ChIP-seq 講習班參考： 本講 PPT 下載鏈接為：http://pan.baidu.com/s/1skJAaAx，密碼：ga2l視頻鏈接：https://mp.weixin.qq.com/s...
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測多少數據量？幾個G？多少reads？如何換算
| lncRNA表達量低，所以要看lncRNA的表達量變化，就要比普通RNA-seq多測一些。 要兼顧SNP和低表達量的lncRNA，要測得更深一些~ 到底需要測多少數據量呢...
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deepTools 使用指南deepTools 是一套基于python開發的工具，適用于有效處理分析高通量測序數據，可用于ChIP-seq, RNA-seq 或 MNase-seq。 #1. deepT...
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ChIP-seq基礎入門理解ChIP-Seq 到了目前這個水平，我學習新的高通量數據分析流程時已經不再考慮代碼應該如何寫的問題了。我更多要去考慮一個技術的目的和意義。 轉錄組主要研究的問題是基因在不...
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2022-03-19 macs2 安裝報錯看很多教程說macs2需要python2的環境,但是建立了python2.7的小環境,安裝后一直報錯.pip或者conda安裝方式試過了都不行. 現在macs2已經支持pyt...
