在使用Seurat時，經常需要對不同分類的樣本在同一畫布上進行可視化，可以非常方便地通過其DimPlot()函數的goupyby和spliby等參數實現，例如對照組和實驗組，...
發簡信
IP屬地：上海
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單細胞/空間組利用scanpy實現Seurat的splitby分頁繪圖 -
記錄運行scvelo過程中的報錯TypeError: Neighbors.compute_neighbors() got an unexpected keyword argument 'write_knn_...
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使用scVelo進行RNA velocity分析-01scVelo于2020年發表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]，...
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文本處理工具之grep
grep是一個文本搜索工具，可以通過正則表達式搜索文本，并把匹配的行打印出來。我們直接通過實例來看看grep的用法。 aa是一個文件，包括4列，基因名，基因所在染色體，基因起...
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Github 2FA驗證最近在登陸github的時候，總是跳出下面這個界面： 強制要求2FA驗證，否則上不了github。驗證方式可以有以下幾種： 比較坑的一點是，github并沒有提供中國區的短信...
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收集細胞注釋marker（持續更新）
"Myeloid": ["PTPRC", "CD68", "CD14", "CSF1R", "CD163", "LYZ"],"T cells": ["CD3D", "CD3E...
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scanpy官方教程2022||03-scanpy包核心繪圖功能學習資料來源：scanpy主頁：https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/[https://scanpy.readthedocs.io/...
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scFEA結果解讀（3）
scFEA（Single-cell Flux Estimation Analysis）是一種專門用于分析單細胞代謝網絡的方法。它通過推斷單細胞的代謝通量（fluxes）來揭示...
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pySCENIC下游可視化（python版本）
Python版SCENIC轉錄因子分析（四）一文就夠了-騰訊云開發者社區-騰訊云 (tencent.com)[https://cloud.tencent.com/develo...
