十月文獻(xiàn)閱讀記錄 文獻(xiàn)閱讀一 Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorialMalte ...
發(fā)簡信
IP屬地：廣東
-
2019-10 文獻(xiàn)閱讀報(bào)告
-
周運(yùn)來，男，長大了才會(huì)遇到的帥哥，穩(wěn)健，瀟灑，大方，靠譜。一段生信緣，一棵技能樹。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人，簡書創(chuàng)作者，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
-
請(qǐng)問下您有這套PPT或者地址嗎？
Seurat 沒你想的那么簡單||Comprehensive integration of single cell data
Cell 深度| 一套普遍適用于各類單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)集的錨定整合方案 這篇文章說的不是別人，正是Seurat本尊。它正在打破自我的標(biāo)簽，只能做單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組？只能做CCA尋找共有...
-
課程會(huì)在2019年9月底之前錄制完畢并上線： 課程說明在：https://mp.weixin.qq.com/s/AV2uTbsvJGBRq_zv7yDmNg 所有代碼在：https://github.com/jmzeng1314/scRNA_smart_seq2 觀看鏈接 手機(jī)微信觀看（推薦）：http://jm.grazy.cn/wechat/course/detail?cid=53 電腦瀏覽器的鏈接 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=53
-
-
單細(xì)胞測序的知識(shí)劉小澤寫于18.7.20https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course/index.html 介紹 Bulk RNA-seq: ...
-
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)筆記-5-熟悉文獻(xiàn)作者提供的兩個(gè)表達(dá)矩陣劉小澤寫于19.6.17-第二單元第三講：熟悉文獻(xiàn)作者提供的兩個(gè)表達(dá)矩陣 筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索smart-seq2技術(shù)相關(guān)的分析技術(shù)課程鏈接在：ht...
-
Seurat使用教程（v3.0）Seurat使用教程（v3.0） Seurat是一個(gè)分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的R包，用于QC，分析和探索單細(xì)胞RNA-seq數(shù)據(jù)，相關(guān)資料如下： 參考教程測試數(shù)據(jù) 具體流程如下：...
-
一些生物信息學(xué)用到的軟件，工具，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測序組裝使用的Spades、canu等等 ?? 序列比對(duì)比如blast、bowtie、diamond等 ?? 多序列比對(duì)比如mega、clustalW、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹構(gòu)建工具IQtree、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 ?? 尋找測序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME ?? 測序質(zhì)量評(píng)估的FastQC、BUSCO、QUAST ?? 可視化工具比如IGV、3D Genome ?? 測序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
-
為什么程序員一定要用Linux？
大多數(shù)人推薦Linux，基本上都會(huì)說Linux讓你更高效、更優(yōu)秀。 然而工具只是工具。 然而工具只是工具。 然而工具只是工具。 優(yōu)秀程序員和不優(yōu)秀程序員的區(qū)別首先是態(tài)度上的區(qū)...
-
bamdst安裝及使用
得到測序文件進(jìn)行比對(duì)后經(jīng)常需要對(duì)bam文件進(jìn)行覆蓋深度、靶向捕獲效率的統(tǒng)計(jì)分析進(jìn)行初步質(zhì)控。這里介紹一個(gè)輸出結(jié)果比較多的軟件bamdst，bamdst可以一次性輸出包括深度、...
-
breakdancer軟件檢測的SV變異用annovar注釋
首先，使用ALLbio軟件下的breakdancer2vcf.py轉(zhuǎn)化breakdancer得到的out文件GitHub地址：這里代碼如下： 復(fù)制代碼或者github clo...
-
Seurat：Guided Clustering Tutorial說明：僅根據(jù)官網(wǎng)指南加個(gè)人理解，相應(yīng)圖片參考官網(wǎng)（目前官網(wǎng)上最新的Tutorial已經(jīng)更新成Seurat3.0版本，下面的流程是2.4版本，有些許出入。新版本將會(huì)在2019年...
-
歡迎關(guān)注微信公眾號(hào)<生信修煉手冊(cè)><br>關(guān)注公眾號(hào)，可以加入微信群，一起交流溝通
