發簡信
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2019-10 文獻閱讀報告
十月文獻閱讀記錄 文獻閱讀一 Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a...
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Seurat使用教程（v3.0）Seurat使用教程（v3.0） Seurat是一個分析單細胞轉錄組數據的R包，用于QC，分析和探索單細胞RNA-seq數據，相關資料如下： 參...
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bamdst安裝及使用
得到測序文件進行比對后經常需要對bam文件進行覆蓋深度、靶向捕獲效率的統計分析進行初步質控。這里介紹一個輸出結果比較多的軟件bamdst，bam...
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breakdancer軟件檢測的SV變異用annovar注釋
首先，使用ALLbio軟件下的breakdancer2vcf.py轉化breakdancer得到的out文件GitHub地址：這里代碼如下： 復...
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SV變異檢測軟件（2）-CREST的安裝及簡單使用
CREST安裝 CREST是基于Split Read原理對SV結構變異進行檢測的一個軟件。Github地址：https://github.com...
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SV變異檢測軟件（1）-breakdancer的安裝及簡單使用
小的Indel（Insertion 和 Deletion），指的是在基因組的某個位置上所發生的小片段序列的插入或者刪除，其長度通常在50bp以下...
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Qualimap安裝及簡單使用
對于高通量測序后的文件要進行質控QC有多個軟件可以完成，包括最開始的fastqc以及對sam/bam文件的質控如：samtools、mosdep...
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【Linux小筆記】無root權限時如何安裝軟件
在服務器上經常遇到需要安裝某個軟件包的時候發現需要root權限才可以執行編譯以進行安裝。那么除了向管理員申請superuser的權限這樣比較麻煩...