在這篇文章中，作者提到候選基因受到正選擇。看附表19給的數(shù)據(jù)，該說(shuō)法的依據(jù)是作者對(duì)普通蕎麥和苦蕎的直系同源基因?qū)ψ隽薑a/Ks分析，其值大于1。 今天的推送，將介紹如何對(duì)兩個(gè)...
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生信分析23：基因?qū)χg的正選擇分析 -
KaKs_Calculator 3.0（2.0）的安裝與使用（搭配ParaAT）1 介紹 參考文獻(xiàn)：Zhang Z . KaKs_calculator 3.0: Calculating selective pressure on coding and n...
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記一次數(shù)據(jù)分析--基因的聚類分析溯源--進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建接著上一個(gè)視屏講，很多人說(shuō)代碼的輸出結(jié)果看不懂，今天詳細(xì)聊一下 今天選擇了11個(gè)沙門菌進(jìn)行聚類分析，最終構(gòu)建進(jìn)化樹(shù) 聚類(Cluster)分析顧名思義就是指將研究的對(duì)象進(jìn)行分...
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使用clusterProfiler進(jìn)行GO、KEGG富集分析（有參情況）尋找差異表達(dá)的基因并識(shí)別它們的功能，是我們進(jìn)行RNA測(cè)序的最主要目的。很明顯，這些差異的基因必然與功能改變密切相關(guān)，例如，比較患病個(gè)體與正常個(gè)體的組織表達(dá)譜，不難想到這些顯著...
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【基因組注釋】ncRNA注釋1. ncRNA 非編碼RNA(Non-coding RNA, ncRNA) 包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA 和microRNA 等不編碼蛋白質(zhì)的RNA，它...
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【基因組學(xué)】從基因組中提取基因序列，一段序列及相應(yīng)的注釋文件
寫在前面要讓從基因組中獲取信息變得像喝水那樣簡(jiǎn)單。 --by zhougengxu 預(yù)先準(zhǔn)備 我以水稻基因組為例，像大家介紹如何提取序列。 基因組文件：水稻基因組，水稻...
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[基因組工具]seqkit的使用
SeqKit的學(xué)習(xí) --20191017 軟件的介紹 SeqKit是一種跨平臺(tái)的、極快的，全面的fasta/q處理工具。SeqKit為所有的主流操作系統(tǒng)提供了一種可執(zhí)行的雙元...
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用TBtools，快速高效實(shí)現(xiàn)基因組共線性分析與可視化， 贊！寫在前面 對(duì)于沒(méi)有做過(guò)共線性分析的小伙伴，可以通過(guò)以下幾段內(nèi)容，了解一下，我為什么要費(fèi)勁巴拉畫出這樣一張圖。 除了基因組成的相似性,在不同基因組中基因排列順序的一致性更能夠體...
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跟著Nature Communications學(xué)作圖：synvisio在線工具展示MCScanX共線性分析的結(jié)果synvisio在線工具 鏈接 https://synvisio.github.io/[https://synvisio.github.io/]之前知道這個(gè)工具，但是沒(méi)有搞懂...
