圖來自： 需要注意的是DNA雙鏈，只是部分區(qū)段是正義鏈，部分是反義鏈。換另一個(gè)區(qū)段可能完全相反。 以下部分內(nèi)容是搬運(yùn)。原作者沒有配圖，我再加個(gè)圖，這樣更好理解一下。 正義鏈/...
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正義鏈 or 反義鏈 -
高通量測(cè)序中，read、contig和Scaffold分別是什么
1.什么是Reads? 高通量測(cè)序平臺(tái)產(chǎn)生的序列就稱為reads。 2.什么是Contig？ 拼接軟件基于reads之間的overlap區(qū)，拼接獲得的序列稱為Contig（重...
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CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（1）前幾天學(xué)習(xí)了文獻(xiàn)CUT&Tag[http://www.lxweimin.com/p/335aec753039]，了解了原理以后，可以跟著官網(wǎng)來學(xué)習(xí)如何分析CUT&Tag數(shù)據(jù)了...
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MACS2 call peaks的統(tǒng)計(jì)學(xué)原理前言 作為表觀基因組的工具，MACS2是call peaks強(qiáng)而有力的工具，那么MACS call peak的基本統(tǒng)計(jì)學(xué)原理是上面呢？大至可以分為3步：1.設(shè)置滑動(dòng)窗口；2....
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CUT&Tag數(shù)據(jù)分析筆記（2）在開始筆記之前我只想吐槽一下，官網(wǎng)里這一部分的代碼錯(cuò)的離譜?。?！各種報(bào)錯(cuò)報(bào)的我懷疑人生。。。 第四節(jié) 比對(duì)結(jié)果過濾和文件格式轉(zhuǎn)換 （一）利用比對(duì)質(zhì)量過濾比對(duì)上的【可選步驟】 ...
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使用htseq-count進(jìn)行定量分析和featurecounts一樣，htseq-count也是一款進(jìn)行raw count定量的軟件。該軟件采用python語言進(jìn)行開發(fā)，集成在HTseq這個(gè)包中。 對(duì)于pyth...
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博主你用的什么版本的r呀
使用R語言的export包的時(shí)候遇到的報(bào)錯(cuò)
我想把ggplot2做的圖片直接保存成ppt，想到了之前的推文 《我不會(huì)用illustrator，只會(huì)用ppt！》 這里用到的是 export 包 首選是安裝 ，使用的命令是...
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R語言安裝export包
1、直接用install.packages("export")報(bào)錯(cuò)： 這種煩人的錯(cuò)誤，簡(jiǎn)直是。。。。2、查閱資料從github上下載export包，然后安裝。1）下載地址：h...
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R語言輸出可編輯的圖片
在ggplot2程序包的加持下，R語言可以做出非常漂亮的統(tǒng)計(jì)圖出來。然而大家是否會(huì)有這樣的體會(huì)，為了做出理想的圖片，需要不停的調(diào)整作圖的參數(shù)，包括顏色，字體大小，字體格式，注...
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GO富集分析前段時(shí)間，我們對(duì)顯著差異轉(zhuǎn)錄本Pathway富集進(jìn)行了解讀，。今天，我們?cè)賮砜纯碐O分析，以及相關(guān)圖表的意義。 GO分析網(wǎng)站：http://pantherdb.org/，以及...
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Cut&tag數(shù)據(jù)分析流程 homer工具自定義參考基因組 load custom genomeCut&tag數(shù)據(jù)分析流程 1.數(shù)據(jù)為clean版本,對(duì)數(shù)據(jù)為進(jìn)行質(zhì)控 reads開始時(shí)序列內(nèi)容不一致是CUT&Tag reads中常見的現(xiàn)象。沒有通過每個(gè)基本的 sequn...
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利用HOMER預(yù)測(cè)目標(biāo)序列的motif（從運(yùn)行程序到結(jié)果解讀，以及注意事項(xiàng)）關(guān)于查找motif，目前有很多種軟件可以進(jìn)行預(yù)測(cè)。我所在的實(shí)驗(yàn)室通常使用FIMO（MEME套件里的一個(gè)），但是有很多文獻(xiàn)里也提到了HOMER這個(gè)軟件，并且不乏一些影響因子很高...
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ChIP-Seq數(shù)據(jù)挖掘系列-3: Motif 分析(3) - 利用ChIP-Seq結(jié)果在基因組區(qū)域中尋找富集的Motifs# findMotifsGenome.pl: 在基因組區(qū)域中尋找富集Motifs HOMER 最初設(shè)計(jì)的目的用于ChIP-Seq peaks 中尋找富集motifs 。 #命...
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歡迎關(guān)注微信公眾號(hào)<生信修煉手冊(cè)><br>關(guān)注公眾號(hào)，可以加入微信群，一起交流溝通
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Homer使用 conda 安裝 Homer 默認(rèn)安裝 homer 最新版conda install homer -y # -y 表示直接安裝，不詢問確認(rèn)與否 查...
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MACS2 Call Peak 參數(shù)詳細(xì)學(xué)習(xí)
隨著測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步，染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)被廣泛用于研究全基因組蛋白-DNA互作。macs 基于一種新的模型可以很好的識(shí)別轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。macs 可以直接應(yīng)用于ChIP-Se...
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ChIP-seq之MACS2進(jìn)行peakcalling
100天生信-Day5 ChIP-seq、ATAC-seq等需要在全基因組上找到特定位置的結(jié)合/切割/富集的高通量測(cè)序技術(shù)，都需要進(jìn)行reads比對(duì)后的peakcalling...
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ChIP-seq和CUT&Tag技術(shù)ChIP-seq：利用染色質(zhì)免疫共沉淀 + 高通量測(cè)序研究某種蛋白質(zhì)結(jié)合的基因組區(qū)域 1. 甲醛交聯(lián)：將所有蛋白和其結(jié)合的DNA固定下來 2. 染色質(zhì)片段化：裂解細(xì)胞、DNA...
