請問下構建數據庫會得到數據庫文件嗎？我按照這個構建，沒有得到數據庫文件，在注釋的時候提示下載這個數據庫文件，但是下載失敗，請問這怎么解決??？謝謝！
snpEff構建物種數據庫及完成vcf變異文件注釋1. 如果在沒有jdk12的conda下安裝snpeff，會報錯 解決方法（針對非root用戶） 參考：http://www.lxweimin.com/p/3e3ebd397...
IP屬地：貴州
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我用EVM的腳本轉換老師報錯，把miniprot的gff轉為EVM的gff，請問有遇到過的嗎？
EVM基因組注釋合并，你真的做對了嗎？
基因組注釋這個東西攻略是五花八門，有些地方其實寫錯了，作者還以為很對，為什么呢，因為EVIDENCEModerler經常在錯誤的輸入文件下也能跑，只是你不知道罷了。 今天帶大...
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您好，請問下miniprot得到的gff格式化，怎么轉變為EVM可使用的格式啊，謝謝！
EVM基因組注釋合并，你真的做對了嗎？
基因組注釋這個東西攻略是五花八門，有些地方其實寫錯了，作者還以為很對，為什么呢，因為EVIDENCEModerler經常在錯誤的輸入文件下也能跑，只是你不知道罷了。 今天帶大...
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@zz_a46c 參數設置有問題，你是默認參數吧
應該是最新最詳細的MUMmer中文使用說明
如何使用MUMmer比對大片段序列 測序技術剛開始發展的時候，大家得到的序列都是單個基因的長度，所以一般都是逐個基因的比較，用的都是BLAST或FASTA通過逐個基因聯配的方...
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大佬，請問下您這8層文件是怎么來的，這個才是關鍵
十二. Circos基因組作圖
前言 最近進行基因組數據分析，繪制圈圖，想做兩個基因組的比較分析，通過查詢文獻，發現棉花基因組圈圖在細節方面做的較好，主要就是染色體排布中間對稱，這樣共線性連線就不會出現交叉...
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我之前用過eggNOG注釋，然后做go和kegg，似乎kegg結果很少??！
本地搭建植物KEGG數據庫及進行注釋
KEGG數據庫包含豐富的功能信息及通路注釋，可由此了解生物系統的功能和效用。 而官方已經不再免費提供FTP下載氨基酸以及核酸序列庫，并且KAAS和Kofam等官方工具，要么在...
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用PMAT跑不出來，很復雜沒有辦法解環，試試這個軟件，但是請問下第三步和第四步的配置文件該怎么修改??？謝謝各位大佬！
跟著Briefings in Bioinformatics學數據分析：植物線粒體基因組組裝流程GSAT初步嘗試
論文 Master graph: an essential integrated assembly model for the plant mitogenome based ...
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請問下怎么設置線程啊，按照這個線程設置報錯
「三代組裝」使用Canu對三代測序進行基因組組裝
Canu簡介 目前Canu已經更新到2.0版本，本文用的是Cau1.6版本，一些參數可能存在變動，請注意分辨。 Canu是Celera的繼任者，能用于組裝PacBio和Nan...
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絕了，怎么安裝都報錯！
比較基因組學之共線性工具JCVI安裝及使用
比較基因組學之共線性工具JCVI安裝及使用 jcvi及依賴的安裝 $ conda create -n jcvi -c bioconda -c conda-forge jcvi...
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請問呢下minimap2要運行多久，結果文件多大啊，太慢了
De novo組裝#04 | 基因組去冗余（purge_dups）
寫在前面 冗余序列的產生和多種因素有關，如 CLR 的測序錯誤，基因組自身的雜合性和重復序列的影響等等，purge_dups軟件能根據read深度分析組裝中haplotigs...
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據說Autohic可以自動更正和調整，但是我用了效果很差，800多M的基因組，經過他調整就只有60多M了，這肯定不行啊
【基因組組裝】HiC掛載軟件以及如何用Juice_box手工糾錯？
1.常用HiC掛載軟件 ALLHiC張興坦老師專為多倍體和高雜合度物種基因組掛載開發。如果是復雜基因組，肯定是首選。對于簡單基因組，我跑了下，結果不佳。提了issue，張老師...
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老板寫的不錯，很詳細，我要用二代reads和pacbio revio HIFI reads來polish，請問配置文件該怎么修改啊？就是第四種polish吧，大佬？謝謝！
De novo組裝#05 | 基因組糾錯polish（racon+pilon, nextpolish）
寫在前面 在進行染色體掛載之前一般對得到的 "primary assembly"（主要組裝/初始組裝結果）進行進一步的優化，以減少錯誤，提高基因組的質量和準確性。然后再將這些...
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請問下得到全長轉錄本后，怎么得到consensus sequences？謝謝大佬
全長轉錄組 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全長轉錄組分析流程 -- 數據質控和預處理
ONT全長轉錄組測序是指基于牛津納米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代測序平臺進行的全長轉錄組測序。利用三代測序平臺長度長 （lo...
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您好，我nanopore測的全長轉錄本，無參考基因組，pychopper得到全長數據，我后續該怎么得到consensus sequences？謝謝！
全長轉錄組 | Iso-Seq 三代測序數據分析流程 (PacBio) （2）-- pigeon
通過isoseq collapse和pigeon，我們最終能得到帶有基因注釋的表達矩陣，后續基因的差異分析，差異基因的KEGG注釋等都和二代RNA-seq類似了。 Isose...
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請問你輸入reads呢？
線粒體組裝軟件（1）Mitofinder
軟件介紹 聽名字就可以猜出來Mitofinder是一個專門用于組裝線粒體基因組的軟件，該軟件運行于liunx平臺，不僅可以用于組裝線粒體的基因組還可以用于注釋線粒體基因組，不...
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請問下運行快嗎？200G二代數據，20線程大概多久可以運行完成??？
基因組組裝—SOAPdenovo2的使用
一、簡介 SOAPdenovo2是用于short-read組裝的軟件，能夠組裝出類似人類基因組大小的de novo草圖。SOAPdenovo主要用于大型植物和動物基因組的組裝...
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請問下conda安裝的，沒有mitfi這個文件，是怎么回事啊？然后tRNA注釋就運行不了，然后報錯就停止運行了？麻煩大佬看到回復下，謝謝！
線粒體基因組的組裝和注釋（MitoFinder ）
之前有過用二代測序的數據組裝植物葉綠體基因組昆蟲線粒體的經歷，用的是單位的超算（Linux系統）。 這里的二代測序數據是全基因組的淺層測序數據，因為葉綠體和線粒體是多拷貝的，...
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大佬這好詳細，謝謝了
De novo組裝#07 | 染色體掛載 （allhic，3d-dna）
寫在前面 初始組裝經過基因組糾錯（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以將其掛載到染色體上，使其由contig/scaffold級別的基因組提升到chromoso...
