基因組注釋這個東西攻略是五花八門，有些地方其實寫錯了，作者還以為很對，為什么呢，因為EVIDENCEModerler經常在錯誤的輸入文件下也能跑，只是你不知道罷了。
今天帶大家順一下EvidenceModerer正規(guī)的流程：
前期準備：
至少三個從頭預測軟件，對基因組進行基因預測 GlimmerHMM, SNAP, Augustus, GeneMarkHMM, and FGeneSH.
同源預測
轉錄組預測 PASA 或者StringTie
這時候注意了，EvidenceModerler接受兩種GFF格式，GFF格式有兩種！如果搞錯了輸入格式，相當于這部分沒讀入系統(tǒng)，沒有用上這部分信息！
第一種GFF 被稱為基因結構GFF
第二種GFF 被稱為比對GFF
同源預測和轉錄組比對GFF各自一個不用動，其他的凡是基因結構注釋的通過cat合并到一起。
然后是權重文件示例：
ABINITIO_PREDICTION augustus 1
ABINITIO_PREDICTION twinscan 1
ABINITIO_PREDICTION glimmerHMM 1
PROTEIN spliced_protein_alignments 1
PROTEIN genewise_protein_alignments 2
TRANSCRIPT spliced_transcript_alignments 1
TRANSCRIPT PASA_transcript_assemblies 10
OTHER_PREDICTION PASA_transdecoder 5
最基本的要求： weight(pasa) >> weight (protein) >= weight(prediction）
推薦用法：
從頭預測weight = 1
蛋白比對，weight = 1
PASA 轉錄組比對, weight = 10
然后現(xiàn)在的EVM版本已經更新到2.1了，1.0需要自己切分注釋十分麻煩，2.1只要準備好：
- denovo 的文件
- 同源比對的文件
- 轉錄組 比對的文件
三個文件就行，會直接生成最終的GFF。
這里注意兩個參數(shù) --segmentSize 和 --overlapSize
動物建議設置 --segmentSize 1000000 --overlapSize 100000
植物可以稍微短一些
