最近真的有點倒霉，骨折了，已經躺了好多天，所有的事情都暫停了下來。 可能這就是命運吧，讓我老老實實呆在家中，哪里也去不了。 北京之行也直接中斷了，好在已經把EigenGWAS...
發簡信
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2021-06-11 EigenGWAS 用在哪里比較好
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一文看懂AlphaFold2&3輸出結果的json文件內容2024年諾貝爾化學獎揭曉，一半授予大衛·貝克（David Baker），以表彰他在計算蛋白質設計領域的卓越貢獻；另一半則由德米斯·哈薩比斯（Demis Hassabis）和...
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Batch SMART 最強序列特征[結構域]預測軟件寫在前面 前天，在學位論文的完善中，有兩個疑似ERF成員始終令我困擾。植物轉錄因子中有個超家族AP2，包括兩個亞家族，一個也叫AP2，另一個叫ERF。前者往往含有兩個AP2結...
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Alphafold2的conda版本的本地使用
由于xx原因，需要用Alphafold2的conda版本的本地版本。所以花了兩三天終于把alphafold2的conda本地版本給安裝上了，主要是下載數據比較麻煩和費時間，總...
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學會perl或python，自己寫代碼修改
‘NSBS’ for signature 'SortedByQueryHits'
兩種原因，ChIPseeker會出現如下報錯 ‘unable to find an inherited method for function ‘NSBS’ for sig...
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NCBI下載SRA數據的4種方法??作為生命科學的從事者，不論是老師或者學生都應該用過NCBI((National Center for Biotechnology Information Search d...
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2020-02-11 “慢”談遺傳度 01如果不談公式，什么是遺傳度？ 從一個困擾的問題開始 是否你們也曾被這樣一個問題困擾：找對象。找對象難、狗糧難咽已經成了當代年輕人，哦不，中年人時常掛在嘴邊的話題。 不知道今年...
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‘NSBS’ for signature 'SortedByQueryHits'
兩種原因，ChIPseeker會出現如下報錯 ‘unable to find an inherited method for function ‘NSBS’ for sig...
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@蘇點點 Power值是為了冪次運算后使數據復合冪律分布，而是否符合冪律分布是通過判斷log10運算后的連通值與頻數是否線性相關判定的，并用決定系數R2作為判斷指標。注意，1，這個過程是充分不必要條件，某些情況下R2很高，但是逆運算后數據不符合冪律分布，例如y=ax+b，a=0；2，歸回模型可能受到某個或幾個權重點的干擾，使R2很高。所以，power為1時，R2=0.9應該謹慎看待，建議繪制Histogram of K條形圖和log10(K) ~ log10(p(K))散點圖觀察power為1時數據的具體分布。
另外，對數據進行高冪次運算后可以使最初相關系數區分更加明顯，從這個角度說power選為1也是不合適的。
針對你的數據來說，如果你用signed網絡，power可以用20，如果用unsigned網絡，power人為定義為9。WGCNA 挑選軟閾值
我們今天就搞清楚這兩個問題：1.什么是無尺度分布2.手工計算軟閾值 無尺度分布 假如我問大家，如果你想認識世界上的任何一個人，需要通過幾個人來聯系？ 6個。 這個就是6度分隔...
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@youyi 不清楚
MethylKit 使用手冊
methylKit是一個用于分析DNA甲基化測序數據的R包，其核心功能是差異甲基化分析和差異甲基化位點/區域的注釋。 1. 加載原始數據 DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
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參考常見問答6
WGCNA 挑選軟閾值
我們今天就搞清楚這兩個問題：1.什么是無尺度分布2.手工計算軟閾值 無尺度分布 假如我問大家，如果你想認識世界上的任何一個人，需要通過幾個人來聯系？ 6個。 這個就是6度分隔...
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使用bed12格式
MethylKit 使用手冊
methylKit是一個用于分析DNA甲基化測序數據的R包，其核心功能是差異甲基化分析和差異甲基化位點/區域的注釋。 1. 加載原始數據 DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
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TBtools | 全基因組特征標記可視化 - 太簡單！寫在前面 全基因組層面可視化特征標記（如基因位點），從文字標簽到圖形標簽。文字標簽應該是三四年前實現的。圖形標簽，Emmm，事實上，這個功能已經實現了太久，以至于我自己只記得...
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太厲害了
IGV-基因組瀏覽器-改造記錄（四）
寫在前面 前述，我們已經對IGV進行了超過三次改造，同時我也寫了三個推送。寫IGV改造系列推送的主要原因，事實是作為課題組成員使用改造的IGV時的參考教程。在上一次RNAfo...
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IGV-基因組瀏覽器-改造記錄（四）寫在前面 前述，我們已經對IGV進行了超過三次改造，同時我也寫了三個推送。寫IGV改造系列推送的主要原因，事實是作為課題組成員使用改造的IGV時的參考教程。在上一次RNAfo...
