@Miaoxx 說明你還不會安裝R包，這個包作為GDC官方唯一推薦的R包，是不可能安裝不了的哈
新版TCGA的突變SNP數據下載和整理關于TCGAbiolinks包的學習前面一共介紹了5篇推文。 今天繼續學習如何使用TCGAbiolinks下載和整理MAF格式的突變數據。 之前的TCGA的MAF文件是可以下...
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R機器學習mlr3：超參數調優
很多人戲稱調參的過程就像是"煉丹"！確實差不多，而且很多時候你調整后的結果可能還不如默認的結果好！這就好比打游戲，"一頓操作猛如虎，一看戰績0比5"！ 模型調優一定要基于對算...
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R機器學習mlr3：模型評價和比較
前面一篇介紹了如何使用mlr3創建任務和學習器、擬合模型、預測和簡單的評價，本篇將模型評價的一些細節問題，展示mlr3如何使得這些步驟變得更加簡單！ 二分類變量和ROC曲線 ...
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新版TCGA表達矩陣整理簡單版很多人因為網絡原因不能使用TCGAbiolinks這個神包下載TCGA的RNA-seq數據，只能通過瀏覽器訪問GDC TCGA的官網進行下載，而下載后得到的是一個個文件夾，對...
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TCGA新版數據差異分析上一篇文章里面簡單學習了一下表達矩陣的提取，順便探索了一下SummarizedExperiment對象。 今天學習下用TCGAbiolinks做差異分析。 加載R包和數據 首...
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決策曲線分析DCA用于lasso回歸/隨機森林本文首發于公眾號：醫學和生信筆記 醫學和生信筆記，專注R語言在臨床醫學中的使用，R語言數據分析和可視化。主要分享R語言做醫學統計學、meta分析、網絡藥理學、臨床預測模型、機...
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TCGA新版數據庫表達矩陣提取本文首發于公眾號：醫學和生信筆記 醫學和生信筆記，專注R語言在臨床醫學中的使用，R語言數據分析和可視化。主要分享R語言做醫學統計學、meta分析、網絡藥理學、臨床預測模型、機...
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TCGA新版數據批量下載
眾所周知，TCGA數據庫改版了！！改的比之前更好用了！ 對于常規轉錄組數據，主要是以下幾點改變： 下載一次即可獲得counts、TPM、FPKM三種類型的表達矩陣，再也不用單...
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R機器學習mlr3：基礎使用本文首發于公眾號：醫學和生信筆記 醫學和生信筆記，專注R語言在臨床醫學中的使用，R語言數據分析和可視化。主要分享R語言做醫學統計學、meta分析、網絡藥理學、臨床預測模型、機...
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R機器學習mlr3：開篇mlr3簡介 mlr3包和其擴展包為R語言提供了一個統一的、面向對象的、可擴展的機器學習框架，可用于回歸、分類、生存分析和其他機器學習任務。mlr3并沒有引入新的機器學習算法...