發簡信
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差異分析存在許多含零的行 ｜ Deseq2DESeq2分析差異基因/ASV時，如果全部基因/ASV都存在0，那么將會因為幾何平均數全部為0，導致估算sizefactor失敗而報錯。 因為默認的計算sizefactor...
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科研術語掃盲：Contributed by全文共853字，預計閱讀時間3分鐘。 經常看PNAS且細心的同學可能會發現，在標題下方多為Edited by... 但有的時候卻是Contributed by... 這有什么...
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基于qiime2的擴增子流程寫在前面：擴增子在微生物組領域就像分子生物學里面的PCR一樣常見、有用，像繁瑣的PCR一樣（雖然有說明書告訴你引物、Taq酶、dNTPs等的加入量，但是每次都加也很繁瑣），擴...
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后來者請注意，此代碼已失效，大家需要自行修改
將qualimap結果統計成表格
qualimap用于將RNA比對數據進行QC，運行命令： 獲得很多結果 從結果中提取統計數據，保存到Excel表中。首先獲得文件路徑，保存在file_name.txt文件中；...
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HISAT2 建立索引警告和比對時報錯解決方案
tags： HISAT2 RNA-seq HISAT2 發表的文章中強調了它的速度很快，我就測試了一下這個工具。 HISAT2 建立索引： 然而沒多久就看到這樣的警告： 只是...
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審完兩篇想要發表在頂刊上的文章后，能學到什么？全文約4800字，閱讀預計時間12分鐘。以下記錄了我從剛開始準備審第一篇PC，到完成第二篇NC的審稿經歷及觀點，看完你大概能了解到審稿的全流程、如何審稿、review rep...
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【避坑】R報錯 lazy-load database is corrupt文章很短，你掃一眼就看完了。 今天嘗試復現詞云圖的時候，需要用到R包tm（Text Mining），死活裝不上，無奈打算使出殺手锏——安裝R包的二進制版本。 沒想到在我lib...
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基于xargs命令的多行命令并行管理我在去年整理了一個關于多行命令并行管理的腳本[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg3OTU5NTQxMA==&mid=2247491942&...
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[pliman] 點點點就能準確識別病狀特征日常逛推的時候，一個新鮮的推文抓住了我的眼球 這是什么好東西！看樣子可以在R中識別圖片的不同區域。剛好最近在做葉部病害，讓我們來看看該如何操作以及效果如何。 R4PDE 檢索...
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批量運行多個R腳本并打印運行狀態曾老師曾經有一篇推文《批量運行多個R腳本》[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247515535&i...
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跟著NBT學做圖：樣本地理信息圖今天我們來學習一下劉永鑫老師2019年發表在Nature Biotechnology上的文章NRT1.1B is associated with root microbiot...
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6.ggplot2——繪制地圖6 地圖 地圖繪制是一項常見的可視化任務，需要用到專門的工具。主要解決兩個方面的問題：使用一個數據源繪制地圖，以及將另一個信息的數據添加到地圖中。 6.1 矢量邊界 使用ge...
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R | ggplot2拼圖 —— patchwork在Y叔公號（biobabble）看到cowplot乃舊愛，patchwork是新歡[https://mp.weixin.qq.com/s/Y_uK2H7ketmFpJMvkN...
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在Windows和MacOS雙系統下打開基于服務器的Rstudio果然，需求才是第一生產力。 最近需要在服務器上用Rstuido，奈何課題組的服務器尚未開通Rstudio server，經過曾老師和永和的指點，最終實現在Windows和Ma...
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只有四個數據，但圖上出現五個點？數據為真實數據修改后的數據。 很早之前給師姐調試了一個適配她大批量實驗的作圖代碼，最近她發現有些問題，部分組數據只有四個，但圖中卻出現了五個點！ 使用代碼如下 這要是解決不了...
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binmap-123原網址：1）http://www.jintiankansha.me/t/etiz287dU8 2）http://www.jintiankansha.me/t/i81Con4f...
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gget alphafold三行命令預測蛋白質三維結構近些天，AlphaFold在熱度不減的基礎上又火了一把，二話不說直接確定了約2億個蛋白質的結構，范圍覆蓋地球上幾乎所有已知生物[1]。 盡管AlphaFold2可以通過Doc...
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假如你能回到博后的第一天，你會給自己什么建議？在和通哥討論“如果能回到當初，會給自己什么建議”的時候，他提到自己曾看過一個推特，也是類似的問題。每次和通哥聊天都很輕松愉快，又能學到不少東西。 最近他的第二公眾號“通達生信...
