1. Seurat對象查看當前的Assay 在進行了SCTransform操作后，矩陣默認會變成SCT矩陣，如果不加設置，后續的PCA等操作都是基于SCT矩陣。修改Defau...
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單細胞數據處理小細節匯總 -
文獻學習：Single hormone or synthetic agonist induces Gs/Gi coupling selectivity of EP receptors via d...這篇文章解析了分辨率更高的EP4激活結構，并且對比了EP4偶聯Gs/Gi的結構上的差異。在闡述G蛋白選擇性的機制上做的非常細致，個人認為學習本文獻后對于提升結構生物學‘講故事...
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ggpubr包系列學習教程(六)使用ggscatter函數繪制散點圖 加載所需R包 基本用法： Usage 常用參數： Arguments 使用示例： Examples 參考來源： https://www....
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常見的OrgDB包，方便對應物種注釋
列舉了19個OrgDB，物種對應的全基因組注釋R包，方便根據EntreZ進行基因的注釋分析等等 | 物種 | OrgDB || 按蚊（Anopheles） | org.Ag....
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文庫：堿基不平衡
Q: 什么是堿基不平衡? ?? 答：對于一個基因來說，它所包含的堿基種類越多，則堿基復雜度越高；如果各種堿基的百分含量越接近一致（即A、T、C、G分別占~25%），則堿基組成...
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詳解內質網應激/未折疊蛋白反應三條信號通路內質網應激： 在細胞當中，內質網（ER）負責將多肽鏈正確折疊和加工成有功能的蛋白質。一些外源性或內源性因素導致ER內錯誤折疊或未折疊蛋白質累積，ER的這種應激狀態稱為內質網應...
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單/多個基因在組間同時展示的多種選擇：分組小提琴圖、分組/分面柱狀圖、單基因蜂群點圖拼圖繪制這是ggplot2可視化專題的第二個實例操作 【ggplot2的基本思路見前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉錄組可視化：總述和分文目錄 【ggplot2繪圖具體...
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四步完成單細胞數據調控網絡流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06適用背景 單細胞轉錄組調控網絡分析是單細胞轉錄組分析內容的高級分析之一，本文將介紹SCENIC/pySCENIC的流程，具體原理和內容不展開，主要展示代碼復現流程。R的SCE...
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轉錄因子詳細介紹(motif)TF: transcription factor轉錄因子TFBS: transcription factor binding site轉錄因子結合位點TFBS是序列內的loc...
