PASA[http://pasa.sourceforge.net/], acronym for Program to Assemble** S**pliced Alignme...
發簡信
IP屬地：湖北
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基于PASA進行基因預測
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基因注釋：基于SNAP+Augustus+GeneMark的maker3 pipeline
我使用的maker版本為3.01.04 第一輪：將已知基因比對到基因組 包括兩個部分：??屏蔽重復序列??將已知的轉錄組/蛋白序列與基因組進行比對 1.（可選）構建自定義重復序列...
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用k-mer分析進行基因組調查：（一）基本原理（全文5058字） 【推薦】用Smudgeplot評估物種倍性后，用組合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍體物種的基因組調查，用組合KMC+GenomeS...
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@百樂霂颼 CDS
WGD（全基因組復制）分析——Ka/Ks及4Dtv值計算
一、4Dtv（四倍簡并位點顛換率）的定義 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
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RNA-Seq data analysis數據準備 數據來源 測序下機數據 直接進行質控和后續分析； 已發表數據 以“The PP2A-interactor TIP41 modulates ABA responses...
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@Amant_8bb4 應該還是ete3模塊的問題，你的python版本是多少? 可視化需要python3的環境
基因家族擴張與收縮分析及物種進化樹構建（上）
一、數據準備 首先，選取不同物種的Protein數據集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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@padingtoon 嗯嗯，是的，有些基因組可能沒有做可變剪切的注釋，所以這部分信息就沒有
基因家族擴張與收縮分析及物種進化樹構建（上）
一、數據準備 首先，選取不同物種的Protein數據集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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@padingtoon 這個腳本是根據ID來區分不同轉錄本的，通常一個基因有多個轉錄本，ID會用".1"、".2"等來區分，所以這個腳本識別ID的時候是用"."來切分的，對于同一ID的不同轉錄本，取最長的那個。可能不同基因組有自己的命名方式，這個需要根據實際情況做調整。希望對你有幫助~
基因家族擴張與收縮分析及物種進化樹構建（上）
一、數據準備 首先，選取不同物種的Protein數據集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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Seurat 4.0 || WNN整合scRNA和scATAC數據前情回顧 Seurat 4.0 ||單細胞數據分析工具箱有更新[http://www.lxweimin.com/p/48e4f61e3a84]Seurat 4.0 ||單細胞...
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RNA-seq(10):KEGG通路可視化:gage和pathview這部分直接從上部分RNA-seq(9):富集分析(功能注釋)[http://www.lxweimin.com/p/5d82acad6008]的數據而來，當然如果你上部分數據存...
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@BonesAQ 通常應該會有gtf或CDS文件，自己轉換下就行了
基因家族擴張與收縮分析及物種進化樹構建（上）
一、數據準備 首先，選取不同物種的Protein數據集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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葡萄性別決定的遺傳基礎今天分享一篇來自nature communications的文章：The genetic basis of sex determination in grapes Masso...
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miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預測新miRNA，到表達矩陣【二】該教程分為2部分，第1部分在：miRNA-seq小RNA高通量測序pipeline：從raw reads，鑒定已知miRNA-預測新miRNA，到表達矩陣【一】 到此時，原始...
