一些生物信息學用到的軟件,工具,介紹用法安裝以及以及應用的文章
?? 測序組裝使用的Spades、canu等等
?? 序列比對比如blast、bowtie、diamond等
?? 多序列比對比如mega、clustalW、matff等
?? 序列格式轉化的samtools、bedtools等等
?? 可變剪接分析的rMATS、MISO
?? 微衛星序列查找工具misa等
?? call peak的工具macs2
?? 文獻下載工具Sci-hub桌面版
?? 進化樹構建工具IQtree、ggtree等
?? 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等
?? 尋找測序中的結構變異或者SNP序列GATK、bcftools等
?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME
?? 測序質量評估的FastQC、BUSCO、QUAST
?? 可視化工具比如IGV、3D Genome
?? 測序數據下載工具SRA Toolkit、ascp等
?? 數據可視化的工具circos
等等