蘇峻的叛軍已經是近在咫尺了，京師全面戒嚴，庾亮親自都督征討軍事事務，他讓司馬流領兵據守慈湖抵御蘇峻，又讓兄弟庾翼以平民身份統領數百人守備石頭城。
宣城內史桓彝準備起兵赴朝廷之難，他的長史認為郡內兵員即少且弱，而且山地居民經常騷擾，應該按兵不動。桓彝嚴厲地說：“現在國家危急緊迫，哪里能心安理得享受安樂！”遂進兵屯駐蕪湖，結果被蘇峻的部將韓晃擊敗，桓彝只能退守廣德。
徐州刺史郗鑒想率領部眾救援，朝廷下詔以北邊賊寇不寧為由，讓他原地駐防。
韓晃又偷襲駐扎在慈湖的司馬流，司馬流向來膽小，臨戰時嚇得吃東西都不知道嘴在哪里，結果兵敗身死。
蘇峻會合了祖渙、許柳等人后，渡過橫江，登上牛渚，駐扎在陵口。朝廷軍隊屢戰屢敗，蘇峻步步緊逼到達蔣陵的覆丹山。
陶回對庾亮說：“蘇峻知道石頭城有重兵屯守，不敢直接前來，必定會從小丹楊南道徒步而來，應當埋伏在那里截擊他們，可以一戰而勝。”
庾亮還是不聽，蘇峻果然從小丹楊前來，因為迷了路，又是在夜間趕路，軍隊各部混亂不堪，庾亮聽說后才追悔再次錯失良機。
卞壺與鐘雅、趙胤等人的軍隊與蘇峻在西陵交戰，卞壺等人大敗，死傷數以千計。蘇峻又乘勝進攻清溪柵，卞壺率領各個部隊拒敵，完全無法阻擋其攻勢。蘇峻乘風勢放火，朝廷的臺省和官署，一時間全被燒毀蕩然無存。
卞壺背部的癰腫剛好，傷口尚未愈合，支撐著身體率領左右侍衛苦戰至死，一代名臣，著名的書法家就此以身殉國。他的兩個兒子卞眕、卞盱為報父仇，相繼殺入敵軍，亦力戰而死。卞壺后裔一直秉承“忠孝傳家”的家族遺風，其家族是歷史上盛產“忠臣孝子”的家族，史稱卞氏為“忠貞世家”。
丹陽尹羊曼在西晉覆滅時，本來有機會留在北方老家，依靠強大的宗族武裝力量自保，可是羊曼對晉皇室忠心耿耿，寧死不食胡粟，不顧千山萬水，道路險阻，一路風塵仆仆九死一生來到江南，誓死輔佐晉元帝司馬睿，稱得上是東晉的中興之臣。他面對叛賊不投降就屠城的叫囂，率領五百名近衛軍士兵，面對十倍的敵軍，死守元龍門一天一夜，最終寡不敵眾力戰而死。
（晉朝南遷之后，有個不成文的規定，無論誰就任新職，都要設宴請大家吃飯。羊曼請客的那一天，來得早的人可以吃到美味佳肴，來得晚的吃殘羹剩飯，而且，宴席上最好的位置，誰來得早誰坐，不分身份貴賤。臨海太守羊固請客跟羊曼不一樣，一整天都是美味佳肴，即使來得再晚的人也能吃到豐盛的美食。但《晉書》把這件事情敘述完了之后，來了一句評論：羊固的宴席雖然豐盛，但不如羊曼的人真率！羊固的問題，就是把事情做得太完滿了，他超過羊曼的部分，其實都屬于心計。）
黃門侍郎周導、陶侃的兒子廬江太守陶瞻都戰死了，庾亮率士兵準備在宣陽門內結陣，還沒來得及排成隊列，士兵都丟盔棄甲地逃跑了，庾亮見勢不妙，只得和兄弟庾翼等人逃奔尋陽。
庾亮臨走前對鐘雅說：“以后的事情拜托你了。”鐘雅說：“棟梁折斷，房屋倒塌，這是誰的過失呢！”庾亮面有愧色地說：“今天的事情不要再說了。”
庾亮乘坐的小船，被亂兵競相掠奪搶劫，左右侍從用箭射敵，居然射中了船上的舵手，舵手應聲倒地，船上的人大驚失色，庾亮緩緩地說：“就這種箭法怎么還能指望他射中寇賊呢！”眾人這才安定下來逃走。
蘇峻的軍隊進入臺城，司徒王導及光祿大夫陸曄、荀崧等人在太極殿中一同護衛司馬衍，讓劉超和鐘雅侍立左右，孔愉則穿著朝服守護宗廟，當時百官已經逃散，宮殿鴉雀無聲。
蘇峻的士兵進來后見這幾位正氣凜然，不敢貿然上殿，便沖進了后宮，將宮女及太后的左右侍從都掠奪一空，他們又驅趕百官服勞役，王彬等重臣都被棍棒鞭撻，又剝光成年男女的衣物，這些人都用破席或苫草遮蔽身體，沒有草席的人就坐在地上用土把自己身體蓋住，哀哭嚎叫的聲音，響徹京城內外。
蘇峻進城時，官府擁有布匹二十萬匹，金銀五千斤，錢億萬，絹數萬匹，其他物品不計其數，他盡數耗費精光，掌管皇帝飲食的太官只有用大火燒剩下的數石糧米來供應司馬衍的飲食。
有人勸鐘雅說：“你稟性誠信坦直，必定不為賊寇所容，何不早作打算。”
鐘雅說：“國家的禍亂不能匡正，君王的危殆不能挽救，各自逃遁以求免禍，這還怎么當人臣呢！”
蘇峻追求的其實不是當皇帝，而是執掌朝政的權力，所以進城后并未篡位，還矯詔大赦天下，只有庾亮兄弟不在赦免之列，讓王導保持原職，祖約任太尉，任命自己為驃騎將軍，祖渙任驍騎將軍。
蘇峻又派兵去進攻吳國內史庾冰，庾冰抵擋不住，逃奔會稽。蘇峻重金懸賞抓捕庾冰，吳國的侍從帶領庾冰進船，把他用蘆席覆蓋起來，搖動船槳逆流而上。每逢遇到巡查哨所，就用槳叩擊船身說：“到哪里去找庾冰啊？庾冰就在這里！”眾人都認為他喝醉了，毫不懷疑，庾冰因此幸免。
庾亮則狼狽逃至溫嶠處，溫嶠聽說建康失守，嚎啕痛哭，庾亮宣太后詔令，任命溫嶠為驃騎將軍，又任命郗鑒為司空。
溫嶠推辭不受，說：“今天應當先剪除叛賊，尚未建功卻先接受官職，還怎么示范天下！”他素來與庾亮交好，庾亮雖然戰敗而逃，溫嶠卻仍然推重尊敬他，還分出部分兵力交給了光桿司令庾亮。
