R 散點(diǎn)圖，ggplot2，spearman相關(guān)性系數(shù)
散點(diǎn)圖顯示了在笛卡爾平面繪制的多個(gè)點(diǎn)。每個(gè)點(diǎn)代表兩個(gè)變量的值。在水平軸上選擇一個(gè)變量，在垂直軸中選擇另一個(gè)變量。簡(jiǎn)單散點(diǎn)圖使用plot()函數(shù)來(lái)創(chuàng)建。
在R中創(chuàng)建散點(diǎn)圖的基本語(yǔ)法是 -
plot(x, y, main, xlab, ylab, xlim, ylim, axes)
以下是使用的參數(shù)的描述 ：
- x - 是數(shù)據(jù)集，其值是水平坐標(biāo)。
- y - 是數(shù)據(jù)集，其值是垂直坐標(biāo)。
- main - 是圖表的標(biāo)題。
- xlab - 是水平軸(x軸)上的標(biāo)簽。
- ylab - 是垂直軸(y軸)上的標(biāo)簽。
- xlim - 是用于繪制的x的值的極限。
- ylim - 是用于繪制的y值的極限。
- axes - 指示是否應(yīng)在繪圖上繪制兩個(gè)軸。
例子：
讀取數(shù)據(jù)：
數(shù)據(jù)的讀取可以用：
- read.table() 表格式文件
- read.csv() 逗號(hào)分隔的文件
- read.delim() tab鍵分隔的文件
使用外部文件參數(shù)讀取數(shù)據(jù)：
args=commandArgs(T)
data = read.table(args[1],sep="\t",header=TRUE)
將第一列賦值給x，將第二列賦值給y
x = data[,1]
y = data[,2]
對(duì)x和y取對(duì)數(shù)lg：
x = log(data[,1],10)
y = log(data[,2],10)
計(jì)算相關(guān)性系數(shù)：
cor.test(x,y,method="spearman")
創(chuàng)建一個(gè)png圖，
png(file = "scatterplot.png")
plot(x,y,main="haha",xlab="reversA", ylab="reversB",pch=16) # 不懂pch是什么？往下看！
屏幕打印出如下：
Spearman's rank correlation rho
data: x and y
S = 89876000, p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true rho is not equal to 0
sample estimates:
rho
0.9931938
Warning message:
In cor.test.default(x, y, method = "spearman") :
Cannot compute exact p-value with ties
我們可以看到spearman系數(shù)為0.9931938。
plot（）及相關(guān)函數(shù)的參數(shù)說(shuō)明：
image.png
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ggplot無(wú)法安裝？戳這里http://www.lxweimin.com/p/edb234eed915
