1 PDB網站（https://www.rcsb.org/）下載需要蛋白結構；

2 以PDB ID 2QMJ 人體葡萄糖淀粉酶為例，查看蛋白名稱、來源和分辨率大小、配體信息等；該蛋白的配體主要為阿卡波糖ACR，記錄蛋白位置有利于下一步對接口袋的選擇；

3 下載該蛋白的PDB格式，應用Pymol軟件觀察蛋白和配體結構；

4 最上面一行分別為蛋白序列、配體序列以及水分子，可以提前將水分子刪除，或者在預處理階段去除都可以；

5 觀察有幾條鏈，多條鏈一般都是對稱的，一般只保留其中的一條鏈就好；

6 將蛋白轉換成 卡通 模式，便于觀察酶結構和配體結構；

7找到配體位置，將其設置為stick模式，將配體設置成為一個新對象；

8分別將蛋白結構和配體結構保存為PDB格式，備用；

至此蛋白和共結晶配體的準備階段基本完成 后面還會繼續對vina分子對接進行介紹 希望大家方便大家 喜歡就關注木初 如有問題 可以下方留言?