[toc]
1.簡介
PD全稱Proteome Discoverer，是ThermoFisher在2008年推出的商業Windows軟件，沒錯，收費，還不菲。而且主要也是針對他們家的obitrap產出數據。但在業內用得比較多，尤其是在學術界（因為大部分科研人員只會鼠標點點框）。蛋疼的是你就算買了軟件還得配個Windows服務器，因為普通個人電腦可遭不住這種大規模數據的搜索。
除了蛋白鑒定定量，PD還可以做質譜數據的轉化。但是我之前比較過，PD轉化的結果和MSConvert或ThermoRawFileParser的結果有些差別，不知哪個更可信些。【ThermoRawFileParser】質譜raw格式轉換mgf
突然覺得沒必要寫PD的使用指南。因為你如果沒買他們家軟件，根本不用看這份推文；你要是買了，會有技術工程師上門服務，專門給你安裝配置以及培訓。最主要的是，我自己基本用不到這款軟件（除了格式轉化）。所以我后來干脆貼一個文件，用得著的朋友自行下載。
2.安裝與配置
image.png
PD安裝手冊：
鏈接: https://pan.baidu.com/s/1B5t9l-sDuQjXhqIRv4eV3A 提取碼: mzhp
3.分析流程
image.png
4.結果
image.png
image.png
懶得寫了，直接貼文檔：
PD使用指南：
鏈接: https://pan.baidu.com/s/174HQLVE-8GVW-mnufGm4gQ 提取碼: x2ak
蛋白質組學鑒定定量軟件總結：
【1】蛋白質組學鑒定軟件之X!Tandem
【2】蛋白質組學鑒定軟件之Comet
【3】蛋白質組學鑒定軟件之Mascot
【4】蛋白質組學鑒定軟件之MSGFPlus
【5】蛋白質組學鑒定定量軟件之PD
【6】蛋白質組學鑒定定量軟件之MaxQuant
