（部分內容轉載，出處不詳～）
1. PIR 和 PSDPIR
國際蛋白質序列數據庫(PSD)是由蛋白質信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質序列數據庫(JIPID)共同維護的國際上最大的公共蛋白質序列數據庫。這是一個全面的、經過注釋的、非冗余的蛋白質序列數據庫，包含超過142,000條蛋白質序列(至99年9月)，其中包括來自幾十個完整基因組的蛋白質序列。所有序列數據都經過整理，超過99%的序列已按蛋白質家族分類，一半以上還按蛋白質超家族進行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結構、基因組和文獻數據庫的交叉索引，以及數據庫內部條目之間的索引，這些內部索引幫助用戶在包括復合物、酶－底物相互作用、活化和調控級聯和具有共同特征的條目之間方便的檢索。每季度都發行一次完整的數據庫，每周可以得到更新部分。
PSD數據庫有幾個輔助數據庫，如基于超家族的非冗余庫等。PIR提供三類序列搜索服務：基于文本的交互式檢索；標準的序列相似性搜索，包括BLAST、FASTA等；結合序列相似性、注釋信息和蛋白質家族信息的高級搜索，包括按注釋分類的相似性搜索、結構域搜索GeneFIND等。
PIR和PSD的網址是：http://pir.georgetown.edu/。
數據庫下載地址是：ftp://nbrfa.georgetown.edu/pir/。
2. SWISS-PROT
SWISS-PROT 是經過注釋的蛋白質序列數據庫，由歐洲生物信息學研究所(EBI)維護。數據庫由蛋白質序列條目構成，每個條目包含蛋白質序列、引用文獻信息、分類學信息、注釋等，注釋中包括蛋白質的功能、轉錄后修飾、特殊位點和區域、二級結構、四級結構、與其它序列的相似性、序列殘缺與疾病的關系、序列變異體和沖突等信息。SWISS-PROT中盡可能減少了冗余序列，并與其它30多個數據建立了交叉引用，其中包括核酸序列庫、蛋白質序列庫和蛋白質結構庫等。
利用序列提取系統(SRS)可以方便地檢索SWISS-PROT和其它EBI的數據庫。 SWISS-PROT 只接受直接測序獲得的蛋白質序列，序列提交可以在其Web頁面上完成。
SWISS-PROT的網址是：http://www.ebi.ac.uk/swissprot/。
3. PROSITE
PROSITE 數據庫收集了生物學有顯著意義的蛋白質位點和序列模式，并能根據這些位點和模式快速和可靠地鑒別一個未知功能的蛋白質序列應該屬于哪一個蛋白質家族。有的情況下，某個蛋白質與已知功能蛋白質的整體序列相似性很低，但由于功能的需要保留了與功能密切相關的序列模式，這樣就可能通過PROSITE的搜索找到隱含的功能motif，因此是序列分析的有效工具。
PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位點、配體結合位點、與金屬離子結合的殘基、二硫鍵的半胱氨酸、與小分子或其它蛋白質結合的區域等；除了序列模式之外，PROSITE還包括由多序列比對構建的profile，能更敏感地發現序列與profile的相似性。PROSITE的主頁上提供各種相關檢索服務。
PROSITE的網址是：http://www.expasy.ch/prosite/。
4. PDB
蛋白質數據倉庫(PDB)是國際上唯一的生物大分子結構數據檔案庫，由美國Brookhaven國家實驗室建立。PDB收集的數據來源于X光晶體衍射和核磁共振(NMR)的數據，經過整理和確認后存檔而成。目前PDB數據庫的維護由結構生物信息學研究合作組織(RCSB)負責。RCSB的主服務器和世界各地的鏡像服務器提供數據庫的檢索和下載服務，以及關于PDB數據文件格式和其它文檔的說明，PDB數據還可以從發行的光盤獲得。使用Rasmol等軟件可以在計算機上按PDB文件顯示生物大分子的三維結構。
RCSB 的PDB數據庫網址是：http://www.rcsb.org/pdb/。
5. SCOP
蛋白質結構分類(SCOP)數據庫詳細描述了已知的蛋白質結構之間的關系。分類基于若干層次：家族，描述相近的進化關系；超家族，描述遠源的進化關系；折疊子(fold)，描述空間幾何結構的關系；折疊類，所有折疊子被歸于全α、全β、α/β、α＋β和多結構域等幾個大類。SCOP還提供一個非冗余的ASTRAIL序列庫，這個庫通常被用來評估各種序列比對算法。此外，SCOP還提供一個PDB-ISL中介序列庫，通過與這個庫中序列的兩兩比對，可以找到與未知結構序列遠緣的已知結構序列。
SCOP的網址是：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/。
6. COG
蛋白質直系同源簇(COGs)數據庫是對細菌、藻類和真核生物的21個完整基因組的編碼蛋白，根據系統進化關系分類構建而成。COG庫對于預測單個蛋白質的功能和整個新基因組中蛋白質的功能都很有用。利用COGNITOR程序，可以把某個蛋白質與所有COGs中的蛋白質進行比對，并把它歸入適當的COG簇。COG庫提供了對COG分類數據的檢索和查詢，基于Web的COGNITOR服務，系統進化模式的查詢服務等。
COG庫的網址是：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG。
下載COG庫和COGNITOR程序在：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG。
