HGVS學(xué)習(xí)匯總

一、堿基變化命名規(guī)則

c.76A>C:第76位堿基A突變?yōu)镃

c.-14G>C:翻譯起始位點5’端第14bp,即從ATG密碼子向5’端數(shù)第14位堿基G突變?yōu)镃

c.88+1G>T:第88位下游第1位堿基G突變?yōu)門(在下一個內(nèi)含子區(qū)域,該點介于編碼區(qū)第88bp到第89bp之間)

c.89-2A>C:第89位上游第2位堿基A突變?yōu)镃(在上一個內(nèi)含子區(qū)域,該點介于編碼區(qū)第88bp到第89bp之間)

c.*46T>A:翻譯終止位點3’端第46bp,即從終止密碼子向3’端數(shù)第46位堿基T突變?yōu)锳

剪接位點非標(biāo)準(zhǔn)命名:c.IVS1+1G→A等IVS類型的命名為非標(biāo)準(zhǔn)命名,注:IVS代表間于兩個外顯子之間的內(nèi)含子序列

二、氨基酸變化命名規(guī)則

Silent changes(同義突變)

標(biāo)準(zhǔn)命名:p.(Leu54=)

含義:第54位Leu未發(fā)生改變

非標(biāo)準(zhǔn)命名:p.(Leu54Leu), p.(L54L)

2、missense variant(錯義突變)

標(biāo)準(zhǔn)命名:p.Trp26Cys

含義:第26位色氨酸(Tryptophan,Trp,W)變成半胱氨酸(Cysteine,Cys,C)

3、nonsense variant(無義突變)

標(biāo)準(zhǔn)命名:p.Trp26Ter或者p.Trp26*

含義:第26位色氨酸(Tryptophan,Trp,W)變成無,即翻譯從第26位提前終止

4、Duplications(重復(fù))

標(biāo)準(zhǔn)命名:p.Gly4_Gln6dup

含義:第4位甘氨酸(Glycine,Gly,G)到第6位谷氨酰胺(Glutamine,Gln,Q)發(fā)生重復(fù),氨基酸序列從MKMGHQQQCC變成MKMGHQGHQQQCC

5、Indels(Deletion/insertions,插入,缺失)

5.1、in-frame Insertions

標(biāo)準(zhǔn)命名:p.Lys2_Met3insGlnSerLys

含義:第2位賴氨酸(Lysine,Lys, K)和第3位甲硫氨酸(Methionine,Met,M)之間插入了3個氨基酸,分別是Gln、Ser和Lys

5.2、in-frame deletions

標(biāo)準(zhǔn)命名:p.Gln8del

含義:第8位谷氨酰胺(Glutamine,Gln,Q)缺失,氨基酸序列從MKMGHQQQCC變成MKMGHQQCC

5.3、frame shifts

標(biāo)準(zhǔn)命名:p.Arg97Glyfs*26或者p.Arg97GlyfsTer26

縮寫:p.Arg97fs

含義:Arg97Gly:第1個受影響的氨基酸是Arg,突變后變成了Gly;

????? fs: frame shifts的簡稱

????? *26:新的閱讀框內(nèi)翻譯終止密碼子的位置,將Arg作為第1個往后數(shù),數(shù)到第26位是終止密碼子


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