PlaceMyFossils: An Integrative Approach to Analyze and Visualize the Phylogenetic Placement of Fossils Using Backbone Trees
一種使用主干樹分析和可視化化石系統發育位置的綜合方法
Systematic Biology
https://doi.org/10.1093/sysbio/syaf025
發布日期：2025 年 4 月 17 日
近年來，人們對使用形態學來確定物種在分子數據衍生的系統發育樹上的位置越來越感興趣。這與最近滅絕的物種或化石物種有關，它們通常僅由碎片形態表示。在后一種情況下，使用骨干樹的約束分析也被證明有助于評估碎片標本在來自形態學數據的系統發育樹上的位置。因此，幾個可用的系統發育程序現在包括運行約束搜索的函數。然而，在現有的分析工具中，并不容易獲得對所獲結果的全面評估。在這里，我們提出了一種綜合方法——PlaceMyFossils——專門設計用于 （1） 徹底評估給定查詢物種（尤其是化石）在參考樹上的系統發育位置，（2） 確定哪些字符和字符分區與定義系統發育位置最相關，（3） 評估結果的置信度，以及 （4） 定義放置查詢物種的最佳分析條件。PlaceMyFossils 結合了作為 TNT（使用新技術的樹木分析軟件）的交互式腳本實現的多項分析，TNT 是一種流行的免費系統發育軟件，廣泛用于古生物學研究。最后，我們使用來自針葉樹和恐龍的兩個不同的經驗數據集演示了其效用并研究了 PlaceMyFossils 與其他可用工具相比的性能。雖然該工具主要用于處理化石，但在推進形態學和分子系統學方面也具有巨大潛力。它為旨在整合分子和形態學數據的實證系統論者提供了強大的資源。鑒于人們對形態進化作為進化過程和多樣化驅動因素的補充視角的興趣日益濃厚，這一點尤其重要。
