一、主題：批量下載所有illunima官方試劑盒的測序標簽index序列
步驟：
二、登錄illunima官網，下載Illumina Experiment Manager軟件
軟件介紹網址：https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/experiment_manager.html
下載軟件：可以運行與win7，win10上。
Latest Updates：
Illumina Experiment Manager v1.14 10/02/2017
Illumina Experiment Manager Software Guide 09/30/2017
該軟件最后更新時間為，2017年10月09號
該軟件操作說明說最后更新時間為，2017年09月30
軟件功能介紹：
Illumina Experiment Manager是用于測序上機時，實驗員設置樣品拆分的samplesheet表格，并設置測序時分析的插件，分析參數。
設置完成后，將將samplesheet表格拷貝illunima測序儀器的對應存放文件夾。
建庫試劑盒的測序標簽index是用于區分各文庫，在同一條lane上，不同文庫的兩端index確保不同。在測序接頭上的8-12bp的標簽，illunima官方的規格一般為8bp，單端i5 * i7 = 8 * 12 =96 個組合。且不同試劑盒的index標簽不相同。
如果一個run的文庫數量比較少，默認按建庫試劑盒上推薦的組合上機，確保在同一個測序位置的ATCG各堿基比例平衡，否則報錯。
如果一個run的文庫數量比較多，可以按照標簽的順序，先用i7再用i5的排序組合，進行使用。
由于標簽只存在建庫試劑盒的操作說明書上，pdf復制時容易格式錯誤。而填寫Illumina Experiment Manager只能導出samplesheet選擇的index標簽，不能批量導出試劑盒的所有標簽。
導致
1，標簽的管理、填寫、檢查十分不方便。
2，無法檢測外來文庫是否與現有文庫標簽重復（客戶送文庫前，請在送樣單上，提供該文庫的標簽信息，接頭信息，試劑盒信息）
批量導出illunima標簽的方法
setp01：將Illumina Experiment Manager.exe右鍵解壓成文件夾（不需要安裝）
setp02：進入Illumina Experiment Manager\SamplePrepKits目錄，列出了當前在市場的所有的Illunima標簽試劑盒
.
|-- Nextera\ Mate\ Pair.txt
|-- Nextera\ Rapid\ Capture\ Enrichment.txt
|-- Nextera.txt
|-- Nextera\ XT.txt
|-- Nextera\ XT\ v2\ Set\ A.txt
|-- Nextera\ XT\ v2\ Set\ B.txt
|-- Nextera\ XT\ v2\ Set\ C.txt
|-- Nextera\ XT\ v2\ Set\ D.txt
|-- Nextera\ XT\ v2.txt
|-- Small\ RNA.txt
|-- SureCell\ WTA\ 3\ Prime.txt
|-- Targeted\ RNA\ Expression.txt
|-- TruSeq\ Amplicon.txt
|-- TruSeq\ Bovine.txt
|-- TruSeqDna.txt
|-- TruSeq\ Exome\ 8x3.txt
|-- TruSeq\ Exome\ 8x6.txt
|-- TruSeq\ Exome\ 8x9.txt
|-- TruSeq\ Exome\ Kit\ 8x12.txt
|-- TruSeq\ HT.txt
|-- TruSeq\ LT.txt
|-- TruSeq\ Methyl\ Capture\ EPIC.txt
|-- TruSeq\ Rapid\ Exome.txt
|-- TruSeqStrandedMrna.txt
|-- TruSeq\ Synthetic\ Long-Read\ DNA.txt
|-- TruSight\ Enrichment.txt
|-- TruSight\ Tumor\ -\ 15\ Genes.txt
`-- TruSight\ Tumor.txt
step03：根據使用的試劑盒名稱找到對應的文件，并使用前，確保是否與該試劑盒建庫說明書上的標簽序列是否一致。
如TruSight Tumor.txt試劑盒
[I7]
A701 ATCACGAC
A702 ACAGTGGT
A703 CAGATCCA
A704 ACAAACGG
A705 ACCCAGCA
A706 AACCCCTC
A707 CCCAACCT
A708 CACCACAC
A709 GAAACCCA
A710 TGTGACCA
A711 AGGGTCAA
A712 AGGAGTGG
[I5]
A501 TGAACCTT
A502 TGCTAAGT
A503 TGTTCTCT
A504 TAAGACAC
A505 CTAATCGA
A506 CTAGAACA
A507 TAAGTTCC
A508 TAGACCTA
step04:將序列放在excel表格中進行編輯使用
