“三藩”各自擁有重兵，掌握地方軍事、行政、財政大權(quán)，儼然是三個封建割據(jù)的獨(dú)立王國。
三藩勢力膨脹迅速，給清王朝統(tǒng)治者造成了嚴(yán)重的威脅，國家面臨分裂割據(jù)的危險。從軍事上看，三藩擁兵自重，隨時都可能爆發(fā)武裝叛亂。從經(jīng)濟(jì)上看，三藩擴(kuò)軍備戰(zhàn)，相當(dāng)數(shù)量的糧和銀要由清政府提供，給清政府財政帶來巨大困難。僅順治十七年（1660），政府供給三藩的軍餉達(dá)2900余萬兩，天下財富半耗于三藩。從政治上看，三藩盤踞之后，各自為政，自成一體，清政府的政策、法令不能貫徹執(zhí)行。三藩勢力不撤除，總有一天要釀成大禍。
康熙皇帝是不允許讓皇權(quán)落榜的，更不允許國家分裂。
康熙十二年（1673）三月，尚可喜打算回遼東養(yǎng)老，并要求將王位傳給兒子尚之信。尚可喜的請求正中康熙的心懷，他立即同樣尚可喜回遼東養(yǎng)老，但不同意尚之信繼續(xù)留鎮(zhèn)廣東，決定撤藩，這對吳三桂、耿精忠是個極大的打擊。他們?yōu)榱嗽囂娇滴醯蹖λ麄兊膽B(tài)度，上疏請求撤藩，同時積極進(jìn)行叛亂準(zhǔn)備。
康熙帝早有撤藩的準(zhǔn)備，現(xiàn)在他們既然主動請求，他就順?biāo)浦弁獬贩５J(rèn)為這不是件容易的事，必須統(tǒng)一思想，慎重行事。康熙帝就召集大臣討論這件事，但多數(shù)大臣被三藩勢力嚇破了膽，甚至連康熙的親信索額圖也主張“不煩用兵，撫之自定”。只有戶部尚書明珠、刑部尚書莫洛等少數(shù)大臣主張撤藩。康熙帝也對三藩的野心看得十分清楚，他認(rèn)為撤藩時機(jī)已到，所以立即批準(zhǔn)撤藩。
撤藩令一下，吳三桂狗急跳墻，于當(dāng)年十一月，殺云南巡撫朱國治，公開舉兵叛亂。并向尚之信、耿精忠所統(tǒng)治的地區(qū)檄文，指斥清朝“竊我先朝神器，變我中國冠裳”，聲稱叛亂是為了“共舉大明之文物，悉還中華之乾坤”，扯起了“反清復(fù)明”的破旗。吳三桂真是恬不知恥，“竊我先朝神器”的清兵，正是他這個民族的敗類引進(jìn)山海關(guān)的。
吳三桂分兵兩路，東略貴州、湖南，北攻四川、陜西，妄圖給清政府造成措手不及的被動局面，達(dá)到分裂割據(jù)的目的。
接著耿精忠、尚之信以及吳三桂在各地的黨羽先后叛亂，叛亂波及11個省，叛軍在軍事上取得暫時的優(yōu)勢。消息傳到北京后，康熙帝力排眾議，決定武力平叛，并殺死了吳三桂在北京的兒子和孫子。
吳三桂叛亂之初，清政府措手不及，暴露了許多方面的嚴(yán)重問題，滿清八旗兵戰(zhàn)斗力不強(qiáng)的弱點(diǎn)更為明顯。八旗兵入關(guān)已經(jīng)三十年，在優(yōu)裕的生活中磨損了銳氣，已經(jīng)沒有了當(dāng)初勇敢善戰(zhàn)、凌厲無比的氣概，新一代帶兵的王公貝勒生長在安樂之中，沒有指揮的實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗，所以戰(zhàn)斗屢次失利，清軍處于被動挨打的劣勢之中。
康熙帝面對戰(zhàn)爭的不利形勢，調(diào)度全局，謹(jǐn)慎從事。在策略上采取剿撫并用，瓦解三藩營壘的方針，把打擊重點(diǎn)放在了吳三桂的身上。康熙下令停止撤耿精忠、尚之信的藩，凡歸順的叛軍，“即與保全，恩養(yǎng)安插”。
1676年，陜西叛將王輔臣降，康熙表示“往事一概不究”。王輔臣降，“賊黨解散，全秦悉定”，三藩集團(tuán)土崩瓦解。以后，尚之信、耿精忠也先后放下武器，向清朝投降，叛軍優(yōu)勢逐漸消失。為了彌補(bǔ)八旗兵戰(zhàn)斗力不強(qiáng)的弱點(diǎn)，康熙帝大膽重用忠于清王朝的漢軍綠營將領(lǐng)。如：張勇、趙良棟、王進(jìn)寶、姚啟圣等都被破格提拔，安置在前線的重要崗位上。
由于康熙帝策略正確，調(diào)度合理，加上新提拔的將領(lǐng)努力奮戰(zhàn)，經(jīng)過兩年多的戰(zhàn)斗，于康熙十五年（1676）年夏，戰(zhàn)場形勢發(fā)生了根本性的變化，由被動挨打變成主動出擊。東西兩個戰(zhàn)場捷報頻傳，叛軍不是投降就是被殲滅，收回了大片土地。于是，康熙決定，集中優(yōu)勢兵力，圍攻吳三桂盤踞的湖南和云南兩地。
康熙調(diào)兵遣將，趕造大炮，每日軍報三四百疏，手批口諭，親自指揮。清軍從各地云集湖南、湖北和江西一帶，不斷地派遣被俘人員向前線叛軍勸降，加強(qiáng)政治攻勢。這時，吳三桂統(tǒng)治區(qū)內(nèi)，政治、經(jīng)濟(jì)危機(jī)日益嚴(yán)重，米一石價五六兩銀，鹽價三四百錢一斤，征催拉夫，民怨四起。可是，年已74歲的吳三桂在死前，還想嘗嘗做皇帝的滋味。
1678年春天，吳三桂在湖南衡州（衡陽市）稱帝，并企圖以大封百官來穩(wěn)住陣營，鼓舞士氣。但他僅僅只做了幾個月的皇帝，就于秋天死去。他的孫子吳世藩急忙帶著吳三桂的棺材逃回昆明。
1678年，清軍收復(fù)湖南，次年收復(fù)四川。1681年，清軍從湖南、廣西、四川三路發(fā)兵，入云南包圍昆明。叛軍繼續(xù)負(fù)隅頑抗，在昆明城外，挖了三道城壕，以阻止清軍進(jìn)攻。九月，趙良棟帶領(lǐng)綠營兵抵達(dá)昆明，他們奮勇作戰(zhàn)，直逼城下，城內(nèi)彈盡糧絕，一片混亂。南門叛軍開城投降，吳世藩見大勢已去，服毒自殺。
歷時八年的三藩叛亂徹底失敗。罪大惡極的吳三桂雖然已經(jīng)死去，康熙帝仍下令將他的尸骨砍成幾段，傳送各省示眾。
平定三藩取得了完全的勝利，其原因除了康熙帝采取的策略比較正確之外，根本的一條就是制造分裂不得人心，違背了全國人民的意志，遭到各族人民的堅決反對，三藩叛亂的可恥失敗，是歷史的必然結(jié)果。
康熙帝平定三藩叛亂，順應(yīng)了歷史的潮流，符合人民的愿望，為國家的統(tǒng)一做出了重大的貢獻(xiàn)。
