RNA velocity分析練習(二)軟件安裝

系列回顧:
1.RNA velocity分析練習(一)文件下載以及預處理

要獲取我們需要的loom文件,你需要先安裝以下文件:

  1. 首先要求你的python >=3.6.0
  2. 安裝依賴軟件:
$ conda install numpy scipy cython numba matplotlib scikit-learn h5py click

當然你也可以選擇用pip進行安裝:

$ pip install numpy scipy cython numba matplotlib scikit-learn h5py click
  1. 安裝pysam
$ pip install pysam
  1. 安裝velocyto(這就是我們之后生成loom文件需要的軟件)
$ pip install velocyto
  1. 測試是否安裝成功:
$ velocyto --help
Usage: velocyto [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...

Options:
  --version  Show the version and exit.
  --help     Show this message and exit.

Commands:
  run            Runs the velocity analysis outputting a loom file
  run10x         Runs the velocity analysis for a Chromium Sample
  run_dropest    Runs the velocity analysis on DropEst preprocessed data
  run_smartseq2  Runs the velocity analysis on SmartSeq2 data (independent bam file per cell)
  tools          helper tools for velocyto
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