由于眾多企業在應用 MES 信息技術方面難以達到預期目標，一些企業開始與研究機構合作進行這類問題的研究。其中最著名的研究成果就是MIT自1984年開始，直至1991終告結束的一項稱之為“90年代的管理”的研究報告，該項研究調查了IT應用對各類機構的影響，研究人員發現：應用沒有成效的企業大多是用計算機信息系統模擬手工業務處理流程，而成功的企業在應用IT的方式上則考慮到計算機化管理的特點，并對手工業務處理流程做了很多改變。該項研究將企業應用IT的水平劃分為以下五個級別。

第1級：本地化應用。MES信息系統相互獨立地應用在一個企業的各個部門，如財務部門、銷售部門、庫存管理部門等，以實現單項業務管理的計算機化和提高工作效率。

第2級：集成化應用。當一個企業應用信息技術進入成熟期時，他們會認識到需要將各個獨立運行的系統聯接到一起，如通過共享數據將財務與生產系統集成一體化。

第3級：MES業務流程重新設計。在應用信息系統前對企業手工業務處理流程進行重新改造或調整，以適合計算機信息處理的特點與計算機化工作方式的要求，而不是簡單地模擬手工業務處理規程。

第4級：業務網絡重新設計。重新設計企業與企業之間的業務處理過程，即對企業的整個供應鏈的工作流程進行重新設計。

第5級：業務范圍重新定義。通過MES信息技術應用重新審視和調整業務范圍。

從第1級到第2級是一個自然發展的漸進過程，一般發生在開始應用信息技術的一段時間之后。遺憾的是，這一階段的收益也無疑是一個緩慢過程，企業一般沒有充分發揮MES信息技術手段的潛能。第3、4、5級則是革命性的變化，這些級不是從現有的工作方式開始應用信息技術，而是注重對人們已習慣的原有工作方式與工作流程進行重新改造與設計，然后發揮信息技術手段支持新的工作方式的能力。第4級是在更大范圍內進行業務流程重組，而第5級則是在更深層次（業務戰略）上進行公司重組。