CELL_10.jpg
跟著Cell學(xué)作圖|10.復(fù)雜熱圖
“實踐是檢驗真理的唯一標(biāo)準(zhǔn)。”
“復(fù)現(xiàn)是學(xué)習(xí)R語言的最好辦法。”
2021.4.12_1
這篇2020年發(fā)表在cell上關(guān)于新冠的組學(xué)文章里面有大量的生信內(nèi)容。今天帶大家復(fù)現(xiàn)其中的一個Figure：熱圖。
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本文示例數(shù)據(jù)領(lǐng)取：后臺回復(fù)“20210509”
文件格式
- 表達(dá)矩陣文件
2021_05_08_3
- 分組信息文件
2021_05_08_2
繪制
#------
title: "heatmap"
author: "MZBJ"
date: "2020/5/8"
#-----
rm(list = ls())
setwd("F:/HJH/mzbj/cell/20210508")
library(readr)
library(plyr)
library(readxl)
library(RColorBrewer)
library(pheatmap)
matrix<-read.table("proteomic_matrix.txt",header = T,sep = "\t",row.names = 1)
matrix[is.na(matrix)] <- 0 #給空值賦0
info<-read_excel("sampleinfo.xlsx") #導(dǎo)入分組信息
annotation_col<- data.frame(type = info$Type, # 構(gòu)建行注釋信息
sex=info$Sex,
age=info$Age,
row.names = info$TMT)
type_color <- c("#85B22E","#5F80B4","#E29827","#922927")
names(type_color) <- c("jkdz","jbdz","PT","ZX") #類型顏色
sex_color <- c("red","#016D06")
names(sex_color) <- c("F","M") #性別顏色
ann_colors <- list(type=type_color,sex=sex_color) #顏色設(shè)置
matrix_2<-data.frame(scale(matrix,center = T)) #中心化
#繪制熱圖
pheatmap(matrix_2,
scale="row",#對行進(jìn)行歸一化
color = colorRampPalette(c("blue", "white","red" ))(1000), # color參數(shù)自定義顏色
annotation_col = annotation_col,
annotation_colors = ann_colors,
fontsize_col = 10,
cluster_rows = T,# cluster_row = FALSE參數(shù)設(shè)定對行進(jìn)行聚類
cluster_cols = F,
show_rownames =T, # show_rownames和show_colnames參數(shù)設(shè)定是否顯示行名和列名
show_colnames = F,
fontsize = 10,
cellwidth=10,
cellheight=10, # cellwidth和cellheight參數(shù)設(shè)定每個熱圖格子的寬度和高度
main = "Heatmap") # main參數(shù)添加主標(biāo)題
出圖：
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幾個不足之處
- 未標(biāo)注富集分析通路對應(yīng)蛋白（目前只能手動標(biāo)注）。
- 由于數(shù)據(jù)的原因，熱圖里的正負(fù)表達(dá)沒有明顯的區(qū)分。
寫在后面：
本系列重在復(fù)現(xiàn)，所以有些細(xì)節(jié)可能講的不是很詳細(xì)。大家有問題可以后臺私信，或者在我的B站：
木舟筆記進(jìn)行互動！制作不易，希望大家多多支持！
往期內(nèi)容：
跟著Cell學(xué)作圖 | 2.柱狀圖+誤差棒+散點+差異顯著性檢驗
跟著 Cell 學(xué)作圖 | 3.箱線圖+散點+差異顯著性檢驗
跟著Cell學(xué)作圖 | 6.時間序列分析(Mfuzz包)
跟著Cell學(xué)作圖|7.富集分析(Metascape數(shù)據(jù)庫)
