跟著Cell學作圖|8.富集網絡圖(Cytoscape/ClueGO)
“實踐是檢驗真理的唯一標準。”
“復現是學習R語言的最好辦法。”
這篇2020年發表在cell上關于新冠的組學文章里面有大量的生信內容。今天帶大家復現其中的一個Supplemental Figure：富集網絡圖。
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本文示例數據領取：后臺回復“20210502”
讀圖
對于富集結果的網絡圖：
-
節點表示
代表性富集通路， - 節點的連線表示
通路之間的共有的基因數， -
顏色表示
該節點的富集情況分類(隸屬于哪個功能組，顏色也可以和表格形式的的ClueGO結果對應)。
Cytoscape
Cytoscape是一個開源軟件平臺，用于可視化分子相互作用網絡和生物途徑，并將這些網絡與注釋、基因表達譜和其他狀態數據集成在一起。Cytoscape核心分布為數據集成、分析和可視化提供了一組基本特性。其他功能也可以作為插件使用。插件可用于網絡和分子分析、新的布局、額外的文件格式支持、腳本和與數據庫的連接。
ClueGO
ClueGO是一個Cytoscape插件，它可以在一個功能分組的網絡中可視化大簇基因的非冗余生物學術語。標識符可以從文本文件中上傳，也可以從Cytoscape的網絡中交互上傳。用戶可以很容易地擴展所支持的標識符類型。ClueGO執行單聚類分析和幾個聚類(基因列表)的比較。從使用的本體源，術語被選擇不同的過濾標準。
繪制
1. 下載Cytoscape
2. 下載ClueGO插件
Apps菜單 -> App Manager -> 找到ClueGO -> Install
3. ClueGO激活
Apps - ClueGo - Getlicense - Request a license key
填寫基本信息之后提交審核，審核時間可能需要1天。郵件收到license之后點擊App-ClueGO- Re-license，在彈出的提示框中輸入license即可激活ClueGO。
5. 上傳數據
5. 選擇富集數據集和富集標準
以GO富集為例：
在富集過程中，會通過超幾何的方法計算p值，這里可以選擇p小于0.05的，將這部分結果展示
開始分析
6. 結果
其他數據庫，如KEGG，步驟類似。
寫在后面：
本系列重在復現，所以有些細節可能講的不是很詳細。大家有問題可以后臺私信，或者在我的B站：
木舟筆記進行互動！制作不易，希望大家多多支持！
往期內容：
跟著Cell學作圖 | 2.柱狀圖+誤差棒+散點+差異顯著性檢驗
