為什么要閱讀文獻
剛進入一個領域，或者接手新課題的時候，需要研究人員能快速地從整體上把握該領域的發展歷史以及目前的進展，從而更好地制訂研究計劃。除了閱讀權威的教材以及請教相關人士，閱讀文獻是主要的途徑之一。作為一位科研工作者或者是學生，閱讀文獻是掌握相關領域脈絡以及追蹤最新話題的一個基本功。跟傳統教材相比，文獻的更新速度快、內容簡短，并且可以根據個人的關注點，針對性的組織內容。然而，大量的文獻對日常管理以及追蹤造成了一定的負擔。本文就針對文獻的收集、管理以及追蹤發表一些個人的看法。
文獻的種類
本文初步將非教材類的、相關人士進行撰寫的文章定義為文獻，主要包括以下4類。
第一類：中文博士及碩士畢業論文
這類文獻有以下的特點。第一，內容詳盡。具體到實驗的操作流程，試劑的配置、組成和廠家，都會詳細記錄；第二，有一定的系統性。優秀的博士及碩士畢業論文，往往對相關領域能有較為全面的描述，并且在參考文獻部分也會列出許多核心文章，因此，可以快速了解行業概況，并且為后續深入挖掘提供了很好的參考；第三，較簡單。通過閱讀，可以了解到常用的核心詞匯是什么，常見的試驗方法以及當前存在的問題和解決方案都有哪些。并且，都是用中文寫的，對英語小白簡直不能更友善。
第二類：中文綜述
綜述一般由領域大牛撰寫，描述了領域的進展進程，目前存在的問題以及常見的解決方案，甚至是可能的發展方向。相對于第一類文獻，權威性更高并且囊括的內容更全，因此十分適合快速了解行業概況。從中文綜述下手，同樣為了照顧英文小白。
第三類：英文綜述
畢竟國內期刊的數量有限且高品質較少，因此，需要得到更多的信息，看英文文獻是必不可少的。與此同時，許多國內大牛也會選擇在頂級英文期刊發表論文，所以英文閱讀無障礙的情況下，盡量選擇英文文獻。然而，這在某些行業并不適用，例如需要了解的課題是針對天朝的研究，那恭喜你，中文文獻就夠用了。
第四類：英文研究性論文
當決定研究方向以及具體研究對象之后，就需要參考別人是如何開展項目的，從而制訂出自己的研究計劃，這時就需要閱讀英文研究性論文。閱讀這類論文需要注意以下幾點。第一，并不是所有的試驗方法都是可靠的。一開始看文獻的時候可能無法分辨其可靠性，這時可以不必過于關注研究的細節，當積累一定的閱讀量之后，再重新挑選可靠的論文作為參考的模板。但必須要記得，盡信書不如無書，要對他人的結論有一定的懷疑態度。下文中也會提到一些文獻篩選的方法，心急的同學可以直接閱讀；第二，要清楚自身的研究目標，不要被帶亂節奏。當文獻看多了之后，就會接觸到很多新的概念，產生許多新的想法。如果課題研究時間允許，可以將這些新的想法整合到方案之中，反之，則要懂得取舍，在結果為導向的當今社會，沒有產出就是滅亡，盡善盡美也得考慮情況；第三，并不是越多越好。這部分涉及到一些閱讀技巧，下文再詳細說明。但要記住，不要把自己埋在文海中不能自拔，美好的生活還有詩和遠方和吃吃吃。
文獻的收集
清楚了文獻的類型，接下來就是如何收集。文獻的來源有很多，經過前輩整理的或者是權威人士推薦的。但這兩類來源并不是一直都有，這就需要研究人員從各大文獻數據庫獲取相關文獻。
常用的中文數據庫有中國知網（CNKI）、萬維等，研究生論文及中文綜述大多可以在這些數據庫中找到，因為筆者沒怎么看過中文資料，所以就不詳細介紹了。一般高校都購買了相關數據庫，通過校內網可以直接下載，如果沒有買也沒關系，各種論壇各種求，比如小木蟲的文獻板塊，或者找老板和其他學校的同學幫忙下。
常用的英文數據庫有google scholar、pubmed、web of science、各種雜志社的官方網站等。其中google scholar要翻墻，web of science需要通過校內網登錄，而且筆者是苦逼的生物汪，因此這里著重介紹一下pubmed和雜志社官方網站的使用，其余的途徑大家自行摸索。
Pubmed是NCBI旗下的文獻數據庫，通過整合MEDLINE，生命科學雜志以及在線電子書出版商等多種途徑，實現一站式搜索。登錄之后的界面是這樣子的。
可以通過搜索關鍵詞，全標題，作者（能夠得到某個課題組的相關著作，一般同一實驗室較優秀文章的通訊作者都是大老板）等內容得到相關信息。這里筆者以lncRNA為關鍵詞進行示范，詳細的入門信息可以閱讀左下角using pubmed-> pubmed quick start guide ,其余的模塊也可以點進去看一下。
縱向來看，搜索結果包括三列。第一列，可以限定文獻的類型。例如，可以限定文章類型為Reviews，是否為全文免費下載Free full text（下載問題下文再提），出版年限等等；第二列，就是搜索的結果。這里需要注意的是上方的Format，可以調整每個記錄所顯示的信息，一般不建議在搜索結果里面直接閱讀摘要，除非內容很少的情況下。還有搜索結果的排序方式，默認是按照發表時間，最新的排在最前面；第三列，是對搜索結果的一些統計信息，比如那個柱狀圖反應了文章數量逐年的變化情況，可以點擊某個區間得到一定年限的文獻，還有跟搜索關鍵詞相關的一些內容。
同樣的第三列往下拉，這里顯示了在圖注中搜索關鍵詞的結果。有時候看圖比看文字更加直觀，當成為老司機之后可以多留意這方面的信息，或者當不知道如何呈現實驗結果的時候也可以在這里找到靈感。
往下是titles with your search terms，這里需要注意的是，默認的搜索范圍是全文，所以關鍵詞可能出現在文章的正文而不是題目中，而這個區域就將搜索范圍限定在了文章的標題。
在往下的是find relative data，因為pubmed是文獻的數據庫，而NCBI除了文獻還有基因、蛋白以及測序得到的SRA等其他數據庫，在這里可以轉到NCBI的其他數據庫進行搜索。既然我們是找文獻的，所以就不用轉過去了。
還有下方的Search details，這是搜索引擎所使用的搜索規則，主要用來限定多個關鍵詞之間是同時出現還是單獨出現，以及出現的地方是在標題、摘要或者是正文等等。其中，雙引號內就是搜索的關鍵詞，Pubmed會自動根據關鍵詞進行擴展，例如這里就擴展了long noncoding rna等，如果需要精確匹配，可以點擊搜索欄下的advanced，有小驚喜哦。這里有個技巧，可以將多個單詞輸入在雙引號內再進行搜索，就可以進行精確匹配，不然Pubmed會將每個單詞都拆開來，視為一個搜索條件。而AND OR用來限定關鍵詞的是否同時出現，方括號內限定搜索的范圍是文章的哪一部分。更多的搜索規則有興趣的同學可以問度娘，這里就不詳細介紹。（題外話：所有搜索引擎都有自己的搜索規則，掌握一些相關內容可以更快搜索到想要的文件的，例如，bingo可以通過filetype限定文件類型，搜索PDF簡直不能更快）
除了Pubmed，其余的數據庫也各有特色。Web of science能夠通過影響因子排序，并且可以限定領域或者其他條件。Springer以及Wiley等有很多整理好的優質教材。這里就不一一介紹了。
然而，并不是所有文獻都能夠免費下載，這里就提兩個途徑下載收費文獻。Sci-hub下載文獻，gen.lib下載外文書籍。具體方式可以問度娘哦~
文獻的追蹤
文獻一直在不斷更新，半月刊、月刊、季刊，每次都去數據庫搜索十分麻煩，還容易遺漏。如何讓文獻自動送上門呢，筆者推薦使用RSS軟件進行文獻的追蹤。
Windows平臺下可以使用FeedDemon，但這個軟件從2013年開始已經不再維護更新，然而目前的基礎功能已經足夠滿足一般文獻追蹤需求。下載地址http://feeddemon.com/
Mac平臺下可以使用RSS訂閱器，因為筆者太窮買不起蘋果所以沒用過，以后能使用到再給大家出測評的文章。
FeedDemon的界面是這樣子的。
如何建立新的訂閱呢，這里還是以Pubmed為例，記得先打開FeedDemon。文獻搜索之后在搜索欄下面有這樣一個按鈕Create RSS。
點擊之后是這樣的。
Number of items displayed是這次顯示的文章數量，Feed name是所創建訂閱的名稱，這個可以之后修改。點擊Create RSS。這時，就會出現下一個界面。點擊xml進行跳轉。
這時，瀏覽器就會跳轉到下面的界面。
使用的下拉菜單中可以選擇訂閱器，這里選擇FeedDemon然后點擊立即訂閱，此時，之前打開的FeedDemon就會有反應了。
一直點擊下一步，就可以完成訂閱。
訂閱之后，可以將訂閱源進行分類，修改，還可以對新內容設置篩選條件，這里就不詳細介紹，各位親們自己研究咯。如果實在不會，那就給我發紅包！我手把手教你！
大部分數據庫以及雜志官網都會提供RSS訂閱服務，但也有些雜志并不提供。遇到這種情況，可以自己創建xml格式的訂閱源，推薦使用Feed43網站。網站是免費的，但是是英文，以后再開文章詳細介紹該網站的使用。除了訂閱文獻，還可以用來訂閱各種博客和論壇的更新，就看小伙伴們的需求了。
文獻的管理
找到需要的文獻后，就需要下載到本地進行閱讀。部分同學喜歡通過構建文件夾的方式在本地進行管理。但是，當文獻數量過多的時候，就很容易造成丟失，并且判斷新下載的文獻是否已經存在比較麻煩。因此，這里推薦使用EndNote進行文獻管理。推薦的理由如下：第一，功能強大。Endnote的開發商是web of science的東家Thomson Reuters，所謂背靠大樹好乘涼，該軟件的設計也是誠意滿滿；第二，除了文獻管理，還能夠進行引文插入。Endnote支持大量的插入格式，并且與好基友office word完美兼容；第三，下載文獻方便。Endnote與多個數據庫完美兼容，當需要批量下載原文時，不再需要一篇篇的找到下載鏈接。當然，Endnote對中文數據庫的支持是一個弱點，如果看中文較多可以使用NoteExpress。
接下來介紹Endnote中如何導入文獻，管理文獻以及進行文獻的交流。還有介紹文獻閱讀的一些技巧。今天暫時更新到這，小伙伴兒們如果感興趣的話敬請期待咯。
