寫在前面
前兩天，推了一篇《簡潔 | 優雅地整理 BLAST 比對結果》。其中我大體介紹了四種 BLAST 常用格式：
- Pairwise
- ASN
- XML
- Table
同時也推薦 TBtools 用戶做 BLAST 的時候，使用 XML 格式輸出。這樣可以使用 TBtools 自開發的數據 BLAST 結果可視化功能。但文中也有提及，如果我們只是進行一兩個序列的 BLAST ，同時關注比對細節，那么最好是用 Pairwise 格式輸出 。
于是這就存在矛盾。一方面建議 TBtools 用戶用 XML 輸出，另一方面我們不時也想要 Pairwise 格式輸出。咋辦？用了用，我還是覺得不爽。換句話說，魚與熊掌，成年人不是全部都要嗎？
盡管我不清楚到底有沒有 BLAST XML 格式轉換為 Pairwise 格式的軟件 / 腳本。只是。。。這似乎也沒啥關系，管他有沒有，只要我們想要，那么寫出來就是有。
BLAST XML to Pairwise
是的，BLAST 格式轉換功能，又更新了。我相信這樣會變得更方便。
從此以后，大家可以非常放心地直接 BLAST 只輸出 XML 格式，隨后，TBtools 可以轉換格式為常用的各種。
當然，不僅如此，我還非常 Nice 地在“BLAST Several Sequences against a Big File”功能中，又增加了一個摁鈕....
換句話說，以后只要在 TBtools 里面，直接 BLAST （格式都不用修改，XML會自動轉換為Pairwise），完事了點擊
Text View即可彈出比對結果。比如
于是可以得到
說實話，感覺還是很爽的...因為也可以同時
Visualize看看
寫在后面
多少花了兩個多小時，解析 XML 并確保格式化為 Pairwise 格式，不是想象中的轉轉格式，其中還涉及到坐標，Frame等的計算。多少還是那句話，有些事情，或許只有做了的人才知道其中有坑，不小心想起了幾個算法實現都遇到坑，多少折騰了點時間才搞完：
- 雙序列比對
- KaKs的NG86法實現
- Glock的重寫
...
Emmm... 事實上，今天提到的這個功能 XML to Pairwise，盡管他只是做了很簡單的事情。但我對他很有信心，因為這是一個困擾了我很多的問題，甚至可以說這是應該是 TBtools 用戶的需求痛點（如果你也經常用 TBtools 做 本地BLAST 的話）。寫完了，我用了一個下午，覺得很爽。。。
而Text View這個自然也不用說。因為他讓一些事情會變得更方便。用著用著，我似乎想起了什么。回過頭來，重新審視下目前 BLAST 的界面。
其中標注的四點屬于后期慢慢加上的。
- 點擊
Temp自動創建一個中間文件，因為很多時候要用戶設定一個輸出文件，顯得麻煩，至少我自己用著不舒服 - 如果用戶自己定義一個輸出文件，也沒用
Temp自動創建中間文件，那么在Start的時候自動檢測會被發現，并同時自動創建一個中間文件。換句話說，這一調整，為絕大多數用戶減少了一步操作。說實話，就這個改進，可能減少了至少80%以上用戶的BLAST報錯。因為很多人就是沒習慣設置輸出文件... -
Visualize提供了快捷可視化接口，不需要用戶復制輸出文件路徑，跳轉新功能去可視化。至少，我自己不想。 -
Text View，今天增加的功能，不贅述。
可以看出，我最得意的是第 2 點。他并沒有解決用戶使用問題，而是解決了用戶使用問題的發生。我恍然想起小時候寫 TBtools 的想法。
一個好的軟件，不需要 Manual。
然而...似乎我自己也忘了這個，更或者，這個確實不容易。
