第一次木津川口之戰
早在柴田勝家出兵能登國阻擊上杉謙信的同一年，公元1576年的4月，織田信長就已經派出明智光秀、荒木村重等人將石山本愿寺團團圍住。
石山本愿寺，與其說是一座寺廟，倒不如說它是一座巨型軍事城堡。本愿寺御坊內擁有比肩大名勢力的軍工產業，能夠提供足夠的槍炮保證戰爭需求；地理位置上背靠瀨戶內海，依靠海路可以獲取盟軍源源不斷的軍事補給。更令人稱奇的是御坊內河川四通八達，將御坊隔斷成眾多大大小小的區域，但每個區域之間卻僅僅只有一條通道連接，也就是說戰爭的進攻方需要將這些區域依次挨個攻破，這與我們所熟知的內外城防御體系的城池結構是截然不同的。攻打這樣復雜的城池就像是玩了一款限時闖關游戲，在兵糧與軍隊耗盡之前如果不能順利完成通關，前面的可就算白打了。織田信長在這款游戲上已經用了足足六年時間，依然還沒有通關。
雖說現在的織田信長已然今非昔比，但到底也還是心有余悸不敢強攻的。他讓明智光秀等人向御坊內散播勸降言論，企圖先從精神上瓦解本愿寺里僧兵們的斗志。不過本愿寺的和尚們是一群有“理想”有“信念”的“和尚”，并非烏合之眾，更何況還有強大的毛利家族撐腰。
公元1576年5月中國地區毛利家族的當主毛利輝元宣布與織田信長斷交，隨即在同年7月，派出村上武吉等人統帥700余艘戰船取道瀨戶內海，兵鋒直指織田信長。織田信長方面派出了以九鬼嘉隆的志摩水軍為主力的300余艘戰船迎敵，自己則在陸地上指揮對本愿寺僧兵的作戰。不僅僅在水軍數量上處于絕對劣勢，毛利水軍豐富的戰斗經驗與協同作戰能力也是臨時拼湊的織田水軍所不能及的，兩軍對陣，不多時，織田水軍便顯露出敗相，毛利水軍陣中突然出現眾多的小船，列著雁形陣極速沖向對方，待到快靠近之時，小船里的弓手們將箭頭點火，彎弓搭箭，一時間無數只火矢射向織田水軍，眾多的船只起火，還沒等九鬼嘉隆緩過神來，第二波小船又出現在自己跟前，這次送來的是精心準備的“焙烙”(陶罐里塞滿火藥后，用火繩拴著)，織田信長的戰船像放煙火一樣被炸開了花。
信長眼看著敗勢已定，只得留下佐久間信盛料理后事，自己則灰溜溜的撤軍了，織田信長與毛利輝元的初次交手以毛利輝元的大勝告終。
第二次木津川口之戰
失敗并不可怕，可怕的是你還相信這句話。
經此一役，織田信長深知要想攻克石山本愿寺，就得先戰勝毛利輝元強大的水軍，一次“戰船升級”迫在眉睫，而這樣的工程自然要交給自己最懂水軍的將軍來辦，九鬼嘉隆也沒有辜負信長的期望，一種寬13米，長22米，包裹著厚鐵板的巨型“鐵甲船”出現在了信長的水軍隊伍里，這種戰船根據同時期的明朝軍艦與歐洲船艦為基礎進行設計，是日本早期裝甲軍艦的樣板，而沒過多久，它就派上了用場。
公元1578年，織田信長的部下荒木村重謀反，并與石山本愿寺以及毛利輝元結成聯盟，同年十一月，村上武吉率領的毛利水軍與九鬼嘉隆統帥的織田水軍會戰于大阪灣，數百只戰船對陣六艘鐵甲戰船，這六艘鐵甲戰船任憑毛利水軍怎么打都巍然不動，反倒是鐵甲船里強大的槍炮把毛利水軍轟得潰不成軍，村上武吉為了保存實力，無可奈何，只得下令撤軍。九鬼嘉隆也憑此被織田信長授予了35000石的領地，成為了名副其實的“海賊大名”。
此戰雖然并未對毛利水軍造成重大損失，不過六艘鐵甲船已經徹底封鎖住了石山本愿寺的海路補給，石山本愿寺也因此而不得不向織田信長臣服，法主顯如真人離開寺廟后隱居不過問世事。此后的數年中，他的兒子教如真人依然帶領著不愿投降的僧兵們同織田信長進行著頑抗，但因人心渙散，物資匱乏而屢戰屢敗，織田信長為絕后患將石山本愿寺付之一炬。
不過在300多年后的今天，在石山本愿寺的遺址上卻造出了一座有著“水之都”之稱的繁華大都市—日本大阪市，歷史將一座城池從地圖上抹掉，也許是賦予它更燦爛新生命的開始。
