大多數的疾病在治療中或治療后都多少可能發生與治療目的無關甚至相反的并發癥，牙齒的根管治療（俗稱爛神經）也不例外，通常的并發癥有；
（一）：急性炎癥反應，在根管治療術過程中或充填后，少數患者會出現局部腫脹，咬合痛，自發痛等癥狀。據統計發生率在10%左右，其原因是，根管器械在根管內的“活塞”作用，有機會把壞死物質推出根尖孔，根管內藥物的刺激，根管內細菌毒力增強，一旦發生上述炎癥，應仔細檢查，確定原因后針對性處理。輕微腫痛者暫不處理，可適當給予止痛藥或抗生素。
（二）：器械分離于根管內，根管內器械分離是造成根管堵塞的常見原因之一，常常影響根管治療順利進行。據報道器械分離發生率為2.09%，原因包括器械金屬疲勞，消毒液腐蝕損害器械，旋轉角度，進路不通暢等原因。分離于根管內的器械要盡可能取出，若取不出來經常規充填后，其成功率不受明顯影響。
（三）：髓腔穿孔，髓腔壁穿孔易發生于髓腔的狹窄部分和根管彎曲處，一般來說，穿通處直徑小于1mm者，應在充分止血后用氫氧化鈣糊劑或氧化鋅丁香油糊劑覆蓋穿孔處，后期觀察再治療。
（四）：皮下氣腫，在根管治療術過程中，由于使用壓縮空氣吃干根管，或使用過氧化氫液時因氧氣分解溢出根尖孔，進入面頸部皮下疏松結締組織內，而發生皮下氣腫。這種發病急驟，數分鐘內明顯腫脹，患區觸診時有捻發音，患者不感疼痛，但感覺運動不自如，皮下氣腫應與血腫鑒別，后者無捻發音，是由皮下出血而致，皮下氣腫一般不需要特殊治療，可給予抗生素以防止感染。
（五）：牙折，根管治療術中或術后，牙折時有發生，而且類型各異，一般包括冠折，根折，冠根折和根縱裂，臨床表現為吃東西不適甚至持續疼痛，牙周損害等癥狀，發生牙折的原因主要是齲洞過大，除去齲壞后，牙齒剩余硬組織薄弱，牙齒術后因無牙髓的營養供給，脆性增大，彈性減小等，牙折的處理應遵循保存的原則，根據牙折的類型，選擇不同的處理方法，故牙齒在開始根管治療時，應根據具體情況，降低原有牙齒的高度，減輕牙齒的頜力，減少牙齒折裂的可能性，并應少用患牙，禁忌用患牙咬硬物，治療完成后應作冠保護修復等。
