在做BWA比對到參考基因組后，得到sam文件，在進行sam轉bam時候遇到一個報錯：
[W::sam_read1] parse error at line 1
[main_samview] truncated file
打開sam文件看看
less -S sample.sam
image.png
sam文件的header第一行多了一行文字
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs
然后我用關鍵詞搜了一些錯誤，發現真的有前輩遇到過。以下是前輩的原文。
開始接觸ubuntu和生物信息分析，
作為初學者，沒有人帶路，屬于摸石頭過河
在用bwa mem比對的時候，遇到過幾次sam文件不能被samtools識別，后來也不知道是什么原因就又識別了，所以也沒在意，最近又遇到了，就嘗試解決一下
嘗試了幾次發現原因主要是bwa的安裝問題，我用 apt-get install bwa安裝bwa，可以使用nohup bwa mem進行比對，也可以被samtools識別
因為ubuntu自帶的bwa版本低一點，所以就重新下載，自己安裝了一個，再次運行 nohup bwa mem的時候，sam文件中，第一行為
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs
這樣的sam文件是不能夠被識別的，導致了不能進行下去了。
但是如果去掉nohup即可
我后來采用的是建立sh文件，然后nohup 運行.sh文件，運行沒問題
總結如下，bwa mem比對結果錯誤，sam文件不能被samtools識別的原因之一是bwa安裝的問題！
寫這個初級的帖子，為后來人遇到同樣問題的人，在百度搜索的時候能夠找到能解決問題的帖子！
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