? 目前已發(fā)表的用于挖掘Bt毒力因子基因的軟件有兩個(gè)：一個(gè)是本課題組發(fā)表于2012年的網(wǎng)頁(yè)版工具BtToxin_Scanner，該工具使用簡(jiǎn)單，主要用于挖掘Cry蛋白編碼基因，也可以為Cry和Vip蛋白編碼基因的挖掘提供一定的線索。如果僅有少數(shù)的基因組需要分析，該工具較為適合；另一款工具是2019年發(fā)表的CryProcessor，該工具有網(wǎng)頁(yè)版和離線版，基于python3.7開(kāi)發(fā)，僅用于挖掘Cry蛋白編碼基因，目前網(wǎng)頁(yè)已經(jīng)不可訪問(wèn)了。筆者通過(guò)其官方文檔了解，其使用略微繁瑣，即若要實(shí)現(xiàn)批量分析，用戶(hù)需要有一定的編程基礎(chǔ)，且其輸出結(jié)果沒(méi)有進(jìn)行很好的整合，顯得基因組之間是各自為戰(zhàn)。

? 筆者常年進(jìn)行大批量Bt毒力因子的挖掘，由于沒(méi)有一款好用的工具，常常耗費(fèi)大量的時(shí)間去分析序列和結(jié)構(gòu)域，為了減少自身和同行的痛苦，特別開(kāi)發(fā)了一款新的管道“BtToxin_Digger”。該管道包含網(wǎng)頁(yè)版和本地版，本地版為大批量基因組分析而設(shè)計(jì)，接受多種數(shù)據(jù)為輸入（Short reads & Long reads，Assembled genomes，CDSs，Protein sequences），運(yùn)行過(guò)程完全自動(dòng)化，輸出結(jié)果豐富，包括基因比對(duì)信息，結(jié)構(gòu)域信息和各種序列等，可以直接拷貝至Excel中，還可以生成Strain vs. toxins的矩陣表等。該管道可以在多種平臺(tái)使用，通過(guò)conda一鍵安裝，用戶(hù)可以根據(jù)我們提供的示例照葫蘆畫(huà)瓢運(yùn)行自己的命令，不需要編程基礎(chǔ)。詳情請(qǐng)見(jiàn)Github：https://github.com/BMBGenomics/BtToxin_Digger。

引用:

https://dx.doi.org/10.1101/2020.05.26.114520

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