目標
通常比對好的bam，如果需要重新比對，需要將文件轉成原始的測序文件的格式fastq。通過bedtools中的bamtofastq 能夠將文件轉成fastq
bedtools可以通過conda安裝，可以參考我往期的教程：http://www.lxweimin.com/p/e82a8d799b13
1、軟件的使用和說明
bedtools bamtofastq [OPTIONS] -i <BAM> -fq <FASTQ>
軟件說明
2、實例
這里以常見的雙端測序文件為例，通過的bam是按照染色體位置排序的，這里需要先通過samtools sort -n將bam文件改成安裝reads名排序，其次通過bedtools bamtofastq將bam轉成fastq。
#sort
samtools sort -n input.bam -o input.name.bam
#convert
bedtools bamtofastq -i input.name.bam \
-fq out.R1.fq \
-fq2 out.R2.fq
#gzip fq
gzip out.R1.fq
gzip out.R2.fq
