不知不覺已經(jīng)過去了四周，這個(gè)系列的開篇語寫于2017年10月14日，距離今天差不多是一個(gè)月的時(shí)間了。這個(gè)月的時(shí)間學(xué)的內(nèi)容并不算多，大致也就是如下幾個(gè)內(nèi)容：
- *nux基礎(chǔ)： 這個(gè)尤為重要，學(xué)會(huì)了*nix（Linux或unix）之后，如果能夠在日常科研生活中進(jìn)行使用，那么你的效率將會(huì)大大提高。
- 數(shù)據(jù)格式： 數(shù)據(jù)的保存具有一定的格式，處理數(shù)據(jù)的前提在于知己知彼，這樣才能選擇合適的工具。這個(gè)部分內(nèi)容包括知道什么是本體論，fasta和fastq長什么樣子。
- 數(shù)據(jù)庫： 一個(gè)優(yōu)秀的數(shù)據(jù)庫提供了分析所需的必要條件，想想如果沒有NCBI這些數(shù)據(jù)庫，分析將會(huì)多么困難。
這些內(nèi)容都特別基礎(chǔ)，當(dāng)然越是基礎(chǔ)的東西可能越是重要，我遇到的大部分問題都可以歸結(jié)為基礎(chǔ)不扎實(shí)。當(dāng)然從下一周開始，我們將會(huì)接觸數(shù)據(jù)分析的第一步，質(zhì)量控制。
質(zhì)量控制重要程度在目前看來可能沒有那么高，因?yàn)楝F(xiàn)在測(cè)序儀器的精確度上升后，大部分測(cè)序錯(cuò)誤都被避免了。但是質(zhì)量控制可能不只是判斷堿基的質(zhì)量。我們可能還要考慮實(shí)驗(yàn)的重復(fù)性等問題。下一周我們負(fù)責(zé)學(xué)習(xí)的內(nèi)容是第8章和第9章。任務(wù)是：
- 目前常用的測(cè)序儀及其測(cè)序原理
- 二代，三代或者四代測(cè)序儀的優(yōu)缺點(diǎn)是什么
- 質(zhì)量控制一般需要哪幾步
- FastQC的結(jié)果如何解讀
- 使用multiQC聚合fastqc的輸出結(jié)果
- （額外任務(wù)）質(zhì)量控制除了檢查堿基質(zhì)量以外，還有那些類別
后續(xù)部分是第四周的筆記匯總
