rules是circos中的一種黑魔法，可以在不改變數據的情況下，對展現形式進行調整。rules代表規則，本質上就是編程語言中的條件判斷語句, 首先給定一個條件，當符合條件時，執行具體的行為。

基本示例如下：

<rule>
condition ?= var(intrachr)
show ?= no
</rule>

condition定義的就是條件，示例中的show = no就是條件滿足時需要執行的事情。

在定義condition時，有以下3種形式

1. condition = 1

這種寫法表示條件永遠成立，直接執行后面的行為即可

2. ?var

通過var獲取對應字段的值, 這里的字段分成兩種，一種是數據文件中的值，比如plots對應的數據文件都會有value值，另外一種是系統內置的，會自動計算的值，比如自動計算區間的長度，用size表示，常用字段有以下幾種, 其中的n用于區分多個區域，比如link連接2個區域，第一個區域為1，第二個區域為2； 當只有一個區域時，比如highlights, plots中，就不需要添加n了

• CHRn
  返回染色體的名字，示例用法var(chr) eq "hs1"

• STARTn
  返回區域的起始位置, ?示例用法var(start) > 300

• ENDn
  表示區域的終止位置，示例用法var(end) < 500

• POSn
  表示區域的中心點的位置，示例用法var(position1) < 500

• SIZEn
  表示區域的長度，示例用法 var(size1) < 5mb

• REVn
  links獨有的字段，判斷某個區域是否反向，如果起始位置大于終止位置，代表是反向的，返回值為1，否則返回值為0， 示例用法condition = var(rev1)

• INV
  links獨有的字段，如果一個link連接的兩個區域方向不同，一個正向，一個反向，返回值為1，其他情況返回值為0，示例用法condition = var(inv)

• INTERCHR
  links獨有的字段，如果一個link連接的兩個區域位于兩條染色體上，返回值為1，其他情況返回值為0，示例用法condition = var(interchr)

• INTRACHR
  links獨有的字段 ，如果一個link連接的兩個區域位于同一條染色體上，返回值為1，其他情況返回值為0，示例用法condition = var(intrachr)

對于數據文件而言，可以在其中添加對應的系統屬性，也可以添加自定義的屬性，下面的例子展示了如何訪問數據文件中定義的color和thickness屬性

<rule>
condition ?= var(color) ne “grey” && var(thickness) == 2
z = 5
</rule>

&&符號代表與的意思，只有兩個條件同時滿足時，才符合這個condition的條件。

3. 函數

共有下面9種函數

1. conf
   conf用于獲取配置文件中設定的參數的值，示例conf(plots,color_alt), 返回值為plots這個block中，設定的color_alt參數的值

2. on
   on用于判斷是否在某條染色體或者某段區間上，用法示例on(hs1)

3. within
   within和on的作用類似，用法示例within(hs2,40Mb,80Mb)

4. between
   links獨有的函數，判斷·是否在兩條染色體之間，用法示例between(hs2,hs3)

5. fromto
   links獨有的函數，判斷連線的方向，用法示例fromto(hs2,hs3)

6. tofrom
   和tofrom類似，只不過方向相反，用法示例tofrom(hs2,hs3)

7. from
   links獨有的函數，判斷連線的起始位置，用法示例from(hs1)

8. to
   links獨有的函數，判斷連線的終止位置，用法示例to(hs1)

9. chrlen
   返回染色體的長度，用法示例chrlen(hs1)

了解了條件如何定義之后，就需要看條件符合時，可以執行哪些行為。要定義一個rules的行為，必須結合其上下文環境。從下面的結構圖可以看到，rules可以出現在ideogram, highligjts, plots, links這4種block 中。行為本質上就是可以調整的屬性值，所以對于不同的block, 其屬性值不同。

由于不同block下對應的參數特別多，就不具體展開了。對于每個block下對應屬性的詳細信息，可以翻閱之前的文章。

掌握了條件和行為的定義之后，理解單個rule的作用就沒有問題了。但是rules是由多個rule構成，當多個rule放在一起是，其條件判斷是怎么樣的呢？

看一個例子

對于value = 1的點而言，其顏色最終是什么呢？

答案是red, 因為只要遇到第一個符合條件的rule之后，就不在判斷后續的其他rules了。所以最終的顏色是紅色。這種條件判斷的邏輯實際上是由flow這個參數控制的

有個參數控制了多個rule存在時條件判斷的邏輯，這個參數就是flow。
flow的取值有以下6種

1. continues if true

2. continues if false

3. stop if true

4. stop if false

5. restart if true

6. restart if false

默認值為continues if false, 只有當不符合當前條件時，才會判斷是否符合下一個條件，對于上面的示例，如果想要點變成藍色，只需要設置flow = continues if true 即可。

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