10X空間轉(zhuǎn)錄組這項技術(shù)出現(xiàn)的時間也有了1年多之久，很多分析的思路也已經(jīng)有了比較深的認識，但是對于細胞通訊而言，無論是發(fā)表的文章，還是個人分析，都還是需要很多的探索，今天我們就來分享一下關(guān)于10X空間轉(zhuǎn)錄組做細胞通訊的個性化思路

10X單細胞數(shù)據(jù)做細胞通訊分析

讓我們來回顧一下單細胞數(shù)據(jù)是如何分析細胞通訊的，當然，能夠分析單細胞數(shù)據(jù)細胞通訊的軟件也越來越多了，我們簡單回顧一下。

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這是我個人的一個總結(jié)，當然，還有一些其他的分析軟件，比如celltalker等，但是不知道大家發(fā)現(xiàn)了沒有，軟件的思路是一樣的，就是根據(jù)不同細胞群基因表達的特征，分析細胞類型之間特異的配受體對，以此來代表細胞類型之間的通訊，區(qū)別只在于算法和對結(jié)果的解讀（或者叫分類）。當然，這樣的思路在很多文獻里都已經(jīng)有了很好的運用，首先我們要考慮的就是這樣的思路能否運用到10X空間轉(zhuǎn)錄組。如果要深入知道這些，必須先知道10X空間轉(zhuǎn)錄組與單細胞的一個區(qū)別，簡單做個整理。

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思路1、單細胞做細胞通訊的思路直接運用到空間轉(zhuǎn)錄組。

這個方法單細胞運用最多，最懶的辦法就是直接嫁接到10X空間轉(zhuǎn)錄組，但是我們這里要注意，單細胞的細胞通訊是代表了不同細胞類型之間的交流（當然是一種推斷，不能完全代表事實），而我們空間的聚類，得到的分群是不同的功能區(qū)域，以這個理解而言，那就是說，我們這么做的意義在于了解不同功能區(qū)域之間的交流，比如皮層與海馬區(qū)的交流（其實也可以人為按照形態(tài)學進行區(qū)域劃分做通訊分析），這個思路當然不錯，但是具有籠統(tǒng)性，不太適合直接運用到空間轉(zhuǎn)錄組。

思路2、以spot為基點，分析spot vs spot or spot within spot的通訊

這里的思路指的就是以spot為單位分析細胞通訊，從這個思路出發(fā)，分析得到就是細胞通訊交流的區(qū)域性，如下圖

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從這個角度而言，做細胞通訊的精度最高，不僅在spot水平上進行通訊的分析，了解到細胞通訊的區(qū)域性，精度高于單細胞（單細胞把一種細胞類型看成一個整體做通訊，具有籠統(tǒng)性），如果有正常和疾病的樣本，這樣的分析思路可以分析得到細胞通訊的區(qū)域變化，舉一個簡單的例子，比如我關(guān)注免疫相關(guān)的通訊，我需要分析spot（也就是空間位置）正常和疾病的免疫通訊的區(qū)域變化，如果是腫瘤樣本，可能更加明顯，（免疫的相同通訊可能遠離或者接近腫瘤區(qū)域，從而提供很好的臨床借鑒）。這種方法，目前而言，很適合空間轉(zhuǎn)錄組，既發(fā)揮了細胞通訊的作用，又利用了10X空間轉(zhuǎn)錄組帶給我們的空間位置信息，再結(jié)合形態(tài)學的特征，對細胞通訊的分析堪稱完美。

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思路3、sp with sc 單細胞的差異配受體結(jié)合空間分析

單細胞分析得到的差異配受體去空間驗證，這個方法很多文獻里有這么做，有其優(yōu)勢，兩種細胞類型之間的差異配受體對在空間上的分析，可以相互驗證，但是缺點很明顯，只是把空間作為一個補充，完全忽視了空間位置帶給我們的信息，而且會遺漏一些信息，比如腫瘤相關(guān)的通訊分析，空間上可以根據(jù)形態(tài)學對腫瘤和正常區(qū)域進行劃分，從而在spot水平上分析通訊，比如腫瘤區(qū)域內(nèi)的交流是怎樣的，腫瘤和正常區(qū)域的交流又是怎樣的，而單細胞對腫瘤細胞只是算法推斷，完全沒有空間形態(tài)學來的真實，包括下面提到的空間臨近分析，沒有空間轉(zhuǎn)錄組，完全做不到的。

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不知道大家對空間通訊的思路有沒有一個清楚的認識，還是那句話，請保持憤怒，讓王多魚傾家蕩產(chǎn)。