轉自：
http://www.360doc.com/content/18/1205/16/52645714_799513550.shtml
1.SpliceGrapher 安裝
在官網下載軟件，https://splicegrapher.sourceforge.net/；
tar zxf SpliceGrapher-0.2.6.tgz；
cd SpliceGrapher-0.2.6；
python3 setup.py build
sudo python3 setup.py install
檢測 SpliceGrapher 是否安裝成功以及能否正常運行
>>> import SpliceGrapher
>>> SpliceGrapher. version
0.2.4
$ cd examples
$ sh run tests.sh
2. SpliceGrapher 相關軟件的安裝
SpliceGrapher有較多的步驟，根據需要來決定是否運行相應的步驟。這些步驟的正常運行需要安裝一些其他軟件
2.1 創建剪接位點(splice sites) 模型文件時，需要安裝 PyML 0.7.9或以上版本
$ tar zxf PyML-0.7.13.3.tar.gz
$ cd PyML-0.7.13.3
$ python setup.py build
$ sudo python setup.py install
如果需要使用 Bam 文件，則需要安裝 Pysam 0.5或以上版本。由于 Pysam 將代碼放置于google 上，因此國內無法下載。Pysam 只是 python 版本的 samtools，因此，自行使用samtools 將Bam 文件轉換成 Sam 文件即可
2.2 當使用 PSGInfer pipeline 進行可變剪接轉錄子預測的時候，需要安裝 PSGInfer 1.1.3或以上版本
S wget
$ tar zxf psginfer-1.1.3.targz -C /opt/biosoft
$echo'PATH=$PATH:/opt/biosoft/psginfer-1.1.3'>>~/.bashrc
2.3 當使用IsoLasso Pipeline 進行可變剪接轉錄子預測的時候，需要 UCSC 的 gtfToGenePred和 genePredToBed 程序，以及 IsoLasso 2.6.1或以上版本
安裝Isolasso 前需要依賴 GSL(/s/gsl/) and CGAL() library支持
未完成
