lr2rmats
lr2rmats 基于Snakemake進(jìn)行分析，可利用三代和二代數(shù)據(jù)對(duì)基因注釋文件進(jìn)行優(yōu)化，生成新的注釋文件。新生成的注釋文件可以提供給rMATS用于差異可變剪接分析。
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1. lr2rmats的安裝
安裝比較簡(jiǎn)單，直接git 克隆代碼， 設(shè)置好PATH的環(huán)境變量即可。
git clone https://github.com/Xinglab/lr2rmats.git --recursive
cd lr2rmats
make dependencies
make lr2rmats
export PATH=$PATH:$PWD/bin # To permanently modify your PATH, you need to add it to your ~/.profile or ~/.bashrc file.
make dependencies命令將構(gòu)建 lr2rmats 所需的所有依賴項(xiàng)。
make lr2rmats將構(gòu)建 lr2rmats 管道的主程序。
或者，可以簡(jiǎn)單地鍵入make來(lái)構(gòu)建需要的一切。
構(gòu)建完成后，lr2rmats/bin需要將路徑添加到環(huán)境變量PATH中。
2. 軟件運(yùn)行
該軟件的分析流程采用了snakemake開(kāi)發(fā)，非常的方便，可以運(yùn)行一下測(cè)試數(shù)據(jù)。其中Snakefile 是分析流程， config.yaml 是數(shù)據(jù)和流程運(yùn)行參數(shù)的配置文件。
snakemake -p --snakefile ./Snakefile --configfile ./config.yaml
如果snakemake版本 <5.2.0：
snakemake -p --snakefile ./Snakefile_legacy --configfile ./config.yaml
輸出文件output/updated.gtf，以及一些中間文件和日志文件。這個(gè)文件可以放到rMATS軟件中進(jìn)行分析
參考資料
