本文轉載自“中山醫院趙博”，僅供學習交流使用。
下圖顯示內置數據集colon，病人rx處理分為三組（下圖第三列），對照組：Obs，處理組一： Levamisole (Lev)，處理組二：Levamisole + 5-fluorouracil (Lev+5FU)
# loads dplyr
library(dplyr)
# core survival analysisfunctions
library(survival)
# recommended forvisualizing survival curves
library(survminer)
#加載內置colon數據集
data(colon)
#list directory contents
ls(colon)
得到如下圖：
#創建生存對象
fit <- survfit(Surv(time, status)~rx, data=colon)
#level()是為了看分組水平情況，以確定對照組，一般level（）之后第一個為對照組
levels(colon$rx)
ggsurvplot(fit,risk.table=TRUE,#生存統計統計表
????????????????? conf.int=TRUE,#添加置信區間帶
????????????????? palette = c("skyblue","green","red"),#顏色設置
????????????????? pval=TRUE,#log-rank檢驗
?????????????????? pval.method=TRUE)#添加檢驗text
至于是treatment中的哪一組與Obs相比，顯著性，差異性更大，需要查看Lev和obs對比的p值及HR，以及（Lev+5FU）和Obs對比的p值及HR，評價分組的治療效果
#Cox Regression,評價rx分組后治療效果
fit1<-coxph(Surv(time, status)~rx, data=colon)
fit1
