Science | 農(nóng)科院作科所周文彬：水稻中轉(zhuǎn)錄因子OsDREB1C同時(shí)提高光合作用效率和氮素利用效率
A transcriptional regulator that boosts grain yields and shortens the growth duration of rice
該研究從碳-氮協(xié)同調(diào)控作物產(chǎn)量出發(fā)，在水稻中鑒定到一個(gè)重要轉(zhuǎn)錄因子OsDREB1C。在多年多點(diǎn)的田間試驗(yàn)中，過(guò)表達(dá)OsDREB1C基因可以縮短水稻生育期，顯著提高其光合效率及氮素利用效率，在水稻日本晴背景產(chǎn)量增幅達(dá)41.368.3%，收獲指數(shù)提高40.355.7%。更為重要的是，過(guò)表達(dá)水稻在不施用氮肥的大田條件下的產(chǎn)量可以達(dá)到甚至超過(guò)對(duì)照品種在施用氮肥條件下的產(chǎn)量水平，實(shí)現(xiàn)“減氮不減產(chǎn)”。。該研究為培育更加高產(chǎn)、氮肥更高效以及早熟新品種提供了重要基因資源。
點(diǎn)評(píng)：非常有意義的研究，具體效果還要看群體產(chǎn)量。另外，這么主效的產(chǎn)量基因在之前的研究中竟然被忽略了！我們對(duì)基因的了解還知之甚少。
MP | 中國(guó)科學(xué)院昆明植物研究所吳建強(qiáng)：列當(dāng)科植物的比較基因組學(xué)分析揭示了寄生植物的演化歷史
Comparative genomics of orobanchaceous species with different parasitic lifestyles reveals the origin and stepwise evolution of plant parasitism
研究者通過(guò)構(gòu)建列當(dāng)科不同生態(tài)習(xí)性物種的高質(zhì)量參考基因組，同時(shí)結(jié)合已發(fā)表的其它寄生植物基因組，從基因組、基因等方面深入的比較分析了寄生植物的進(jìn)化。結(jié)果支持了寄生習(xí)性三段式的演化過(guò)程，即首先獲得吸器，與寄主建立物理連接；逐漸依賴寄主，開(kāi)始丟失不必要的功能基因；最終再獲得新基因使其更加生理上特化和提高對(duì)寄主的依賴性。
點(diǎn)評(píng)：比較基因組對(duì)我而言難找故事。
Nature Plants | 農(nóng)科院作科所王天宇：現(xiàn)代玉米雜種優(yōu)勢(shì)群遺傳改良與分化的基因組學(xué)基礎(chǔ)
Genomic Insights into Historical Improvement of Heterotic Groups during Modern Hybrid Maize Breeding
為了揭示現(xiàn)代玉米育種過(guò)程中父、母本雜種優(yōu)勢(shì)群育種選擇的遺傳規(guī)律及其基因組分化特征，該研究收集整理了1604份國(guó)內(nèi)外不同育種時(shí)期、不同雜種優(yōu)勢(shì)群的代表性玉米自交系，針對(duì)21個(gè)農(nóng)藝性狀開(kāi)展了多環(huán)境、多角度的表型精準(zhǔn)鑒定和基于重測(cè)序的基因型精準(zhǔn)鑒定，通過(guò)對(duì)超過(guò)305萬(wàn)個(gè)表型數(shù)據(jù)點(diǎn)和2.2億個(gè)遺傳變異位點(diǎn)的分析，發(fā)現(xiàn)本研究材料覆蓋了全球主要玉米主產(chǎn)區(qū)育種應(yīng)用的父本群和母本群，二者經(jīng)歷了“和而不同”育種改良，即農(nóng)藝性狀改良既存在趨同選擇也存在趨異選擇。趨同選擇性狀（父母本群均向花期更早熟、散粉-吐絲間隔期更短、穗位更低、雄穗分枝數(shù)更少、產(chǎn)量更高、行粒數(shù)更多、出籽率更高、籽粒更大、粒重更重方向改良）多與耐密高產(chǎn)育種目標(biāo)相關(guān)，而趨異選擇性狀（穗粗、穗行數(shù)、軸重性狀在母本群中降低，而在父本群中增加）可能與母本及其雜交種的熟期和籽粒脫水速率相關(guān)。在此基礎(chǔ)上，采取全基因組掃描和關(guān)聯(lián)分析策略，挖掘出一批與父、母本雜優(yōu)群性狀趨同和趨異選擇的重要基因和等位基因，且發(fā)現(xiàn)父、母本雜優(yōu)群中有利等位基因積累的多少與趨同和趨異性狀改良呈高度相關(guān)。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)，現(xiàn)代育種過(guò)程中父、母本雜優(yōu)群之間一些基因組區(qū)域的遺傳分化不斷增強(qiáng)，并且這些基因組區(qū)段或基因的持續(xù)分化是決定玉米雜種優(yōu)勢(shì)的重要遺傳學(xué)基礎(chǔ)。此外，利用基因編輯技術(shù)和轉(zhuǎn)基因技術(shù)驗(yàn)證了兩個(gè)現(xiàn)代育種過(guò)程中趨同選擇基因ZmEMF1L1和 ZmKW10和一個(gè)分化基因ZmKOB1在調(diào)控玉米開(kāi)花期、籽粒大小和雜種優(yōu)勢(shì)方面的作用。本研究為玉米雜交種父、母本雜優(yōu)群的遺傳改良、強(qiáng)優(yōu)勢(shì)雜交種的選育及全基因組選擇育種技術(shù)的開(kāi)發(fā)提供了堅(jiān)實(shí)的理論基礎(chǔ)與基因資源。
點(diǎn)評(píng)：找到玉米父、母本雜種優(yōu)勢(shì)群趨同與趨異選擇的遺傳規(guī)律，也是厲害。這篇算是前年王海洋老師NG的延續(xù)吧。
Cell Research | 農(nóng)科院深圳基因組所錢(qián)前：構(gòu)建稻屬超級(jí)泛基因組，助力水稻種質(zhì)資源遺傳變異挖掘和利用
A Super Pan-Genomic Landscape of Rice
利用三代Nanopore組裝了251份高質(zhì)量的水稻基因組，構(gòu)建了目前植物中群體規(guī)模最大的、基因組充分注釋的、稻屬中最為系統(tǒng)的超級(jí)泛基因組。該圖譜的完成將極大地促進(jìn)水稻功能基因挖掘和水稻種質(zhì)資源利用。
點(diǎn)評(píng)：水稻卷得不成樣了，已經(jīng)完全是大佬們?cè)义X(qián)的游戲，根本不給小玩家們機(jī)會(huì)。
Nat Com | 華南農(nóng)業(yè)大學(xué)陳長(zhǎng)明：公布辣椒高質(zhì)量染色體級(jí)別的三代拼接參考基因組
The 3D architecture of the pepper genome and its relationship to function and evolution
首次報(bào)道了辣椒高質(zhì)量染色體級(jí)別的三代拼接參考基因組，并通過(guò)整合高分辨率Hi-C圖譜與表觀組、轉(zhuǎn)錄組以及遺傳變異數(shù)據(jù)，探索了其三維基因組結(jié)構(gòu)的基本特征以及與基因組功能和進(jìn)化的關(guān)系。辣椒基因組雖然具有與哺乳動(dòng)物類似拓?fù)浣Y(jié)合域（Topologically associating domains，TADs），但其形成方式與功能并不完全一樣。它們的邊界是染色體重排的熱點(diǎn)區(qū)，該區(qū)域的序列高度保守，說(shuō)明它們的結(jié)構(gòu)完整性對(duì)基因組功能有益。研究也證實(shí)了雖然染色質(zhì)構(gòu)象能夠廣泛預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄上的量化差異，但其并不能直接解釋組織間基因差異表達(dá)。綜上所述，辣椒染色質(zhì)三維結(jié)構(gòu)主要由轉(zhuǎn)錄工廠模型介導(dǎo)的異染色質(zhì)折疊驅(qū)動(dòng)，并且這種結(jié)構(gòu)是有潛在功能性，可能普遍適應(yīng)于其他大型植物基因組。
點(diǎn)評(píng)：是不是每個(gè)物種再來(lái)一遍3D基因組？
PBJ | 華北理工宋小明：明星蔬菜冰菜高質(zhì)量基因組為研究植物耐鹽堿及高效固碳分子機(jī)制提供重要遺傳基礎(chǔ)
High-quality ice plant reference genome analysis provides insights into genome evolution and allows exploration of genes involved in the transition from C3 to CAM pathways
該研究利用最新的Pacbio_HiFi、Hi-C等測(cè)序技術(shù)和生物信息學(xué)分析方法，獲得了一個(gè)高質(zhì)量的染色體級(jí)別的冰菜基因組。作為番杏科第一個(gè)解析的基因組，該研究為全面地進(jìn)行冰菜和其他植物的比較和功能基因組學(xué)研究提供了豐富的組學(xué)數(shù)據(jù)資源。同時(shí)也為探究C3到CAM途徑轉(zhuǎn)變機(jī)制以提高作物產(chǎn)量和抗性奠定了很好的基礎(chǔ)。
點(diǎn)評(píng)：基因組+轉(zhuǎn)錄組+代謝組，王希胤老師團(tuán)隊(duì)的宋小明，近年發(fā)展很好
Nature Genetics | 四川農(nóng)大：燕麥基因組揭示六倍體栽培燕麥的起源與進(jìn)化
Reference genome assemblies reveal the origin and evolution of allohexaploid oat
該研究發(fā)布了栽培六倍體裸燕麥及其二倍體和四倍體祖先的參考基因組，并進(jìn)一步選擇能代表燕麥屬現(xiàn)存所有基因組類型的二倍體、四倍體和六倍體材料結(jié)合全基因測(cè)序、葉綠體基因組和轉(zhuǎn)錄組分析，深入探究六倍體燕麥的起源與亞基因組進(jìn)化。
點(diǎn)評(píng)：復(fù)雜基因組，且很深入的分析，不愧NG
Nature Plants丨中科院武漢植物園王青鋒/陳進(jìn)明：石菖蒲基因組為早期單子葉植物進(jìn)化研究提供了新見(jiàn)解
The slow-evolving Acorus tatarinowii genome sheds light on ancestral monocot evolution
該研究通過(guò)構(gòu)建高質(zhì)量的石菖蒲基因組，比較分析了代表性單子葉植物的全基因組進(jìn)化，構(gòu)建了單子葉植物的祖先核型，并揭示了早期單子葉植物適應(yīng)濕地或水生棲息地的分子機(jī)制，從而為單子葉植物的起源和多樣性研究提供了新見(jiàn)解。
點(diǎn)評(píng)：NP貌似很鐘意這種比較和進(jìn)化基因組
iScience | 貴州大學(xué)熊彪：聯(lián)合破譯山胡椒基因組
Genome of Lindera glauca provides insights into the evolution of biosynthesis genes for aromatic compounds
該研究首次獲得并公開(kāi)發(fā)布了染色體級(jí)別的山胡椒參考基因組序列，并揭示了山胡椒D-吉瑪烯和羅勒烯合成相關(guān)的代謝通路。
點(diǎn)評(píng)：基因組+轉(zhuǎn)錄組+代謝組，講講物種特點(diǎn)的代謝物及代謝通路，這種文章的標(biāo)題都千篇一律了。
Genome Biology | 四川大學(xué)劉建全：組裝高質(zhì)量的三倍體毛白楊單倍型基因組
PtoNF?YC9-SRMT-PtoRD26 module regulates the high saline tolerance of a triploid poplar
該論文報(bào)道了一套高分辨率的三倍體毛白楊單倍型基因組，為多倍體物種基因組的成功破譯提供了范例，為深入研究三倍體楊樹(shù)分子調(diào)控機(jī)制提供了生物信息學(xué)基礎(chǔ)和工具。其次，揭示了一種全新的由PtoNF-YC9-SRMT-PtoRD26分子模塊介導(dǎo)的楊樹(shù)鹽響應(yīng)轉(zhuǎn)錄調(diào)控通路：鹽脅迫激發(fā)ABA的大量積累，從而驅(qū)動(dòng)PtoNF-YC9的核定位，進(jìn)而與SRMT發(fā)生相互作用協(xié)同增強(qiáng)PtoRD26的表達(dá)。PtoRD26的上調(diào)表達(dá)則會(huì)進(jìn)一步激活SRMT的表達(dá)，從而形成了“開(kāi)關(guān)—正反饋回路”模型快速放大脅迫信號(hào)。這些研究成果不僅加深了對(duì)木本植物鹽響應(yīng)調(diào)控機(jī)制的理解，也為抗鹽楊樹(shù)種質(zhì)的篩選和培育提供了新思路和遺傳靶點(diǎn)。
點(diǎn)評(píng)：組裝只是小菜，重點(diǎn)是為鹽脅迫進(jìn)行的轉(zhuǎn)錄組試驗(yàn)設(shè)計(jì)及其后續(xù)挖掘到相關(guān)基因后的一系列驗(yàn)證
Hortic Res | 佛羅里達(dá)大學(xué)王玉：聯(lián)合非靶向代謝組學(xué)與機(jī)器學(xué)習(xí)建模來(lái)診斷早期柑橘黃龍病的新方法
Nontargeted metabolomics-based multiple machine learning modeling boosts early accurate detection for citrus Huanglongbing
研究者選用六種機(jī)器學(xué)習(xí)算法來(lái)構(gòu)建分類器，最終發(fā)現(xiàn)梯度提升決策樹(shù)（Gradient-Boosted Decision Tree）和正則化邏輯回歸（Logistic Regression-L2）的平均預(yù)測(cè)準(zhǔn)確率最高，均達(dá)到95.83%。這兩種分類器不僅可以對(duì)健康和受感染的植物進(jìn)行準(zhǔn)確分類，還能篩選出與黃龍病密切相關(guān)的重要代謝物。通過(guò)代謝途徑分析和含量差異比較，對(duì)發(fā)現(xiàn)代謝生物標(biāo)志物進(jìn)行了驗(yàn)證，與之前相關(guān)的報(bào)道非常一致。在實(shí)踐中，可靈活采用靶向檢測(cè)技術(shù)來(lái)獲得那些代謝標(biāo)志物在可能的染病風(fēng)險(xiǎn)橘樹(shù)樹(shù)葉中的含量信息，以使診斷過(guò)程得到簡(jiǎn)化。該方法在黃龍病的早期檢測(cè)中具有很強(qiáng)的實(shí)用性，解決了傳統(tǒng)方法靈敏度低的缺點(diǎn)，同時(shí)也避免了以往基于光譜或圖像識(shí)別的機(jī)器學(xué)習(xí)診斷方法在應(yīng)用中存在的受光照條件干擾等問(wèn)題。
點(diǎn)評(píng)：所有代謝物構(gòu)建分類器？不進(jìn)行特征選擇嗎。很多與黃龍病不相干的代謝物
Plant Journal | 中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)王向峰：發(fā)表非監(jiān)督機(jī)器學(xué)習(xí)算法綜述
Unsupervised and semi-supervised learning: the next frontier in machine learning for plant systems biology
在植物系統(tǒng)生物學(xué)研究中，非監(jiān)督學(xué)習(xí)算法已廣泛用于多組學(xué)數(shù)據(jù)聚類、降維和可視化、分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)推斷、跨物種預(yù)測(cè)、單細(xì)胞組學(xué)研究和植物表型組學(xué)圖像分析等領(lǐng)域。論文圍繞上述各研究領(lǐng)域，對(duì)最新的非監(jiān)督學(xué)習(xí)算法及其應(yīng)用展開(kāi)了系統(tǒng)綜述，為植物研究領(lǐng)域不同應(yīng)用場(chǎng)景中，在機(jī)器學(xué)習(xí)方法的選擇方面提供了有價(jià)值的信息和參考。
點(diǎn)評(píng)：這能發(fā)PJ，有點(diǎn)灌水之嫌
Nature Com | 中國(guó)農(nóng)大小麥研究中心孫其信：在多倍體小麥起源馴化領(lǐng)域取得重要進(jìn)展
Dispersed emergence and protracted domestication of polyploid wheat uncovered by mosaic ancestral haploblock inference
該研究在作物中首次實(shí)現(xiàn)了跨倍性的單倍型溯祖解析，系統(tǒng)闡明了“野生種-栽培種”滲入和跨倍性滲入在多倍體小麥起源和馴化過(guò)程中對(duì)于恢復(fù)種群遺傳多樣性的重要作用，揭示了馴化小麥的散布式起源機(jī)制與長(zhǎng)期漸進(jìn)馴化的演化規(guī)律，為加速小麥等作物的種質(zhì)資源演變規(guī)律解析和優(yōu)異資源創(chuàng)制提供了理論基礎(chǔ)。
點(diǎn)評(píng)：小麥基因組，我碰都不敢碰
Molecular Plant | 山西農(nóng)大韓淵懷：多組學(xué)解析小米代謝物馴化的遺傳機(jī)制和抗炎效果
Multi-omics analyses of 398 foxtail millet accessions reveal genomic regions associated with domestication, metabolite traits and anti-inflammatory effects
以398份谷子自然群體為材料，通過(guò)全基因組重測(cè)序、轉(zhuǎn)錄組、代謝組、抗炎組多組學(xué)全面聯(lián)合分析，發(fā)現(xiàn)在不同的谷子亞群之間，存在著隨代謝物變化而產(chǎn)生的自然變異及其潛在的遺傳結(jié)構(gòu)，主要是谷子黃粒相關(guān)基因等位基因的選擇導(dǎo)致了代謝產(chǎn)物的改變，如類胡蘿卜素和內(nèi)源性植物激素。并通過(guò)基因組編輯驗(yàn)證了小米中PSY1的功能，結(jié)果表明突變體中類胡蘿卜素含量與WT相比顯著下降。而體外細(xì)胞炎癥實(shí)驗(yàn)表明，小米提取物中有83種代謝物具有抗炎作用。本項(xiàng)研究為進(jìn)一步了解谷子品質(zhì)與不同代謝物之間的關(guān)系提供了理論支撐，同時(shí)也為未來(lái)谷子遺傳研究及營(yíng)養(yǎng)改良等方面奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。
點(diǎn)評(píng)：該團(tuán)隊(duì)近幾年引進(jìn)了幾位青年人才，發(fā)了幾篇高分文章。該研究的思路是值得借鑒的，抗炎組又是新編的什么玩意
PBJ | 青海大學(xué)王艦：發(fā)布四倍體栽培種馬鈴薯“青薯9號(hào)”高質(zhì)量、染色體級(jí)別的同源四倍體基因組
The autotetraploid potato genome provides insights into highly heterozygous species
研究解析了四倍體栽培種馬鈴薯“青薯9號(hào)”高質(zhì)量、染色體級(jí)別的同源四倍體基因組。通過(guò)比較基因組研究發(fā)現(xiàn)四倍體馬鈴薯與二倍體馬鈴薯基因組在錯(cuò)配修復(fù)（MMR）中存在顯著差異，同時(shí)基于“青薯9號(hào)”四倍體馬鈴薯基因組，對(duì)150份馬鈴薯塊莖肉色進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析并挖掘了候選基因。
點(diǎn)評(píng)：PBJ不知提供了多少”provides insights into“的水文，自從上次被它拒了后，我就一直憤憤不平了，明明這些水文還不如我的。可是要是給我也來(lái)一篇，就很香了。
Molecular Ecology Resources| 農(nóng)科院深圳基因組所樊偉：發(fā)布菊苣、苦菊、牛蒡和雪蓮果參考基因組
The genomes of chicory, endive, great burdock and yacon provide insights into Asteraceae paleo-polyploidization history and plant inulin production
本研究首次組裝了菊苣、苦菊、雪蓮果染色體級(jí)別的基因組，并更新了牛蒡基因組；明確了這些物種的分歧時(shí)間和近期多倍化事件；探討了FAZY基因與果聚糖聚合度的關(guān)系。研究成果將推動(dòng)果聚糖代謝分子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的解析與菊科植物基因組學(xué)基礎(chǔ)研究。
點(diǎn)評(píng)：樊偉（算前同事前輩吧，讀過(guò)他留下來(lái)的代碼）純生信背景能找出后面的果聚糖代謝酶故事，難得
BMC Plant Biology | 隆平高科楊遠(yuǎn)柱與北大何航：揭示超級(jí)雜交稻隆兩優(yōu)華占和晶兩優(yōu)華占雜種優(yōu)勢(shì)遺傳機(jī)制
Transcriptome profiling of two hybrid rice provides insights into the genetic basis of heterosis
通過(guò)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和全基因組重測(cè)序，揭示了隆兩優(yōu)華占和晶兩優(yōu)華占強(qiáng)雜種優(yōu)勢(shì)產(chǎn)生的遺傳機(jī)制。
點(diǎn)評(píng)：我恨這篇文章，別問(wèn)我為什么。。。
PBJ |北大何航/隆平高科楊遠(yuǎn)柱：兩系雜交水稻骨干親本四個(gè)T2T, Gap-free基因組
The telomere-to-telomere gap-free genome of four rice parents reveals SV and PAV patterns in hybrid rice breeding
該研究利用HiFi和Ultra-long測(cè)序結(jié)合的組裝策略，完成了湘陵628S、晶4155S、隆科638S與華占4個(gè)雜交水稻骨干親本無(wú)缺口參考基因組組裝，結(jié)合其余六個(gè)已發(fā)表的雜交水稻親本基因組，系統(tǒng)分析了結(jié)構(gòu)變異在雜交育種過(guò)程中的分布和影響，發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)變異在F1功能基因及轉(zhuǎn)錄雜種優(yōu)勢(shì)起著重要作用。該研究展示雜種優(yōu)勢(shì)和雜交育種研究已進(jìn)入無(wú)缺口參考基因組水平。
點(diǎn)評(píng)：我同樣恨這篇文章，別問(wèn)我為什么。。。
GigaScience | 胡桃楸染色體水平基因組發(fā)布
The Manchurian Walnut genome: insights into Julgone and Lipid biosynthesis
目前胡桃楸組裝質(zhì)量最高的染色體水平級(jí)別的基因組，且基因組具有很高的連續(xù)性和完整性。該研究揭示了胡桃楸與其他胡桃科物種的系統(tǒng)分類地位和進(jìn)化特征，并完成了胡桃楸果實(shí)發(fā)育過(guò)程中胡桃醌和油脂合成相關(guān)基因的挖掘工作，這為胡桃楸關(guān)鍵藥用成分調(diào)控機(jī)制及基因組進(jìn)化研究提供了重要參考，特別是為胡桃楸的綜合開(kāi)發(fā)和利用提供了寶貴的遺傳信息。
點(diǎn)評(píng)：基因組+轉(zhuǎn)錄組+代謝組，懶得評(píng)價(jià)。
The Plant Journal | 西南大學(xué)李加納/盧坤教授團(tuán)隊(duì)在甘藍(lán)型油菜時(shí)空轉(zhuǎn)錄組和亞基因組研究中取得進(jìn)展
Spatio-temporal transcriptome profiling and subgenome analysis in the Brassica napus
該團(tuán)隊(duì)對(duì)甘藍(lán)型油菜6個(gè)發(fā)育時(shí)期的24個(gè)組織器官進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組分析，發(fā)現(xiàn)這些組織器官可以分為8類。甘藍(lán)型油菜角果皮與根、莖、葉的功能部分相似。硫苷代謝過(guò)程在甘藍(lán)型油菜根和角果皮發(fā)育過(guò)程中起著重要作用，蛋白磷酸化過(guò)程在花藥和種子發(fā)育早期過(guò)程中起著重要作用。研究還鑒定到17,100個(gè)在不同組織器官中特異表達(dá)的基因，包括889個(gè)轉(zhuǎn)錄因子，發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)錄因子的組織特異性強(qiáng)于結(jié)構(gòu)基因。在基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)中，部分傾向表達(dá)基因被鑒定為hub基因，發(fā)現(xiàn)其可能通過(guò)多種激素信號(hào)通路實(shí)現(xiàn)對(duì)油菜不同組織器官發(fā)育的特異調(diào)節(jié)。另外，團(tuán)隊(duì)比較了甘藍(lán)型油菜AC亞基因組同源基因的表達(dá)模式，發(fā)現(xiàn)甘藍(lán)型油菜中不存在AC亞基因組表達(dá)優(yōu)勢(shì)。同源基因的時(shí)空表達(dá)差異與啟動(dòng)子中轉(zhuǎn)座子和調(diào)控元件數(shù)目相關(guān)。本研究提供了完整的甘藍(lán)型油菜轉(zhuǎn)錄組圖譜，還挖掘了甘藍(lán)型油菜生長(zhǎng)和發(fā)育的重要基因。
構(gòu)建了基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(kù)BrassicaEDB（https://brassica.biodb.org/），實(shí)現(xiàn)了基因表達(dá)可視化，為油菜基因組研究提供了重要工具。
點(diǎn)評(píng)：可以的，就是費(fèi)錢(qián)。
Frontiers in Plant Science | 中國(guó)農(nóng)科院楊慶文：解析我國(guó)野生稻原生境保護(hù)居群的遺傳結(jié)構(gòu)與株型變異
Genomic Analysis Provides Insights Into the Plant Architecture Variations in in situ Conserved Chinese Wild Rice (Oryza rufipogon Griff.)
普通野生稻最典型的特征是匍匐生長(zhǎng)。在我國(guó)野生稻遺傳多樣性中心，具有典型代表性的“廣西桂平”野生稻原位保護(hù)點(diǎn)，研究人員首次發(fā)現(xiàn)有直立生長(zhǎng)的株系存在，并在該居群中發(fā)現(xiàn)有四種株型的變異類型。通過(guò)利用分子標(biāo)記進(jìn)行遺傳結(jié)構(gòu)分析，發(fā)現(xiàn)該原生境保護(hù)點(diǎn)的整個(gè)群體按株型分為兩大類群；對(duì)代表性單株進(jìn)行重測(cè)序，通過(guò)基因組學(xué)分析發(fā)現(xiàn)，桂平野生稻屬于Or-III居群，具有獨(dú)特的遺傳結(jié)構(gòu)，與秈稻、粳稻和Aromatic稻都有基因滲入。研究人員進(jìn)一步選取居群中的四種株型單株，構(gòu)建DNA混池分別進(jìn)行BSA分析，發(fā)現(xiàn)一個(gè)與抽穗期相關(guān)的基因DHD1，可能與原生境保護(hù)點(diǎn)中的株型變異相關(guān)，而株型關(guān)鍵基因MOC1, LAZY1等，在原生境保護(hù)居群中的變異并沒(méi)有影響株型。研究發(fā)現(xiàn)桂平原生境保護(hù)點(diǎn)的野生稻與桂平市乃至廣西的地方品種并沒(méi)有基因滲入，而株型的變異既然非自然變異，極有可能來(lái)自于周邊大面積推廣的栽培稻品種。
點(diǎn)評(píng)：其實(shí)研究還可以，做水稻馴化的可以看看
